南京工程学院自动化学院成立于2006年，它的前身是南京工程学院自动化系.其本科办学始于1988年，先后与南京理工大学、江苏大学合作办学。现有工业自动化、数控技术应用、过程控制、测控技术与仪器四个专业及专业方向，在校本科学生2000余人。在近20年的本科办学历史中，为社会输送了2000余名本科毕业生。
学院现有教职工64名，其中教授7名、副教授17名；高级实验师5名；硕士学位研究生19人、博士研究生（含在读）13人、博士后2名。现设有自动化教研室、数控教研室、测控教研室、过程控制教研室、先进数控技术江苏省高校重点建设实验室、微机实验中心、自动化实验中心、江苏省数控技术教学实验中心、FANUC数控系统应用中心等。
学院中拥有江苏省优秀教育工作者，江苏省“333人才工程”人选，江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人和优秀青年骨干教师多人，形成了老、中、青相结合以优秀中青年教师为主体的教师队伍。学院高度重视高质量优秀人才的培养，在人才培养上坚持知识、能力、创新精神，注重工程设计、实践与创新的综合素质和竞争力，不断深化改革。数控技术应用专业教学改革2001年获省教学成果特等奖，2001年获国家级教学成果二等奖。“电气信息与电子信息类”应用型人才培养体系的创新与实践2004年获省教学成果一等奖，国家级教学成果二等奖。编写出版省部级规划教材22部。完成国家级“十五”规划教材4部。获国家级精品教材1部、省级精品教材1部，省级立项精品教材1项、省级精品课程2门。建成校级优秀课程群1个、精品课程4门。“数控技术应用专业系列规划教材建设”获2005年江苏省教学成果二等奖。自动化专业2006年已建成校级品牌专业，被遴选为省特色专业建设点，测控技术与仪器专业被遴选为校内品牌专业建设点。
学院高度重视学科建设，坚持学科建设与专业建设相互促进，共同发展，近五年获得纵向科研项目80 项，其中国家级1项，省部级25项，横向科研项目14项。近年来，先后撰写专著、教材41部。在国类外核心期刊发表学术论文223篇，其中核心198篇，SCI、EI、ISTP收录25篇。