吴耀宗(1893年11月4日-1979年9月17日)，中国基督教三自爱国运动发起人，爱国爱教的典范。
吴耀宗祖籍广东顺德。1893年11月4日生于广州一个非基督徒木材商人家庭。1913年进入北京税务学堂。（所以能讲一口标准国语）。毕业后在海关供职。1918年受洗加入北京公理会，1920年任北京基督教青年会学校部干事,组织唯爱社。1924年去美国纽约协和神学院(属于现代派)及哥伦比亚大学攻读神学、哲学，获哲学硕士学位。1927年返国，任职于基督教青年会全国协会出版部。
吴耀宗热心于抗日爱国运动。抗战期间就常与重庆之周恩来有所往还。倾向于反蒋、反美。
1949年9月，吴耀宗代表宗教界参加中国人民政治协商会议（虽然并非著名的教会领袖，）。1950年9月参与起草、发表题为《中国基督教在新中国建设中努力的途径》的宣言。要求实现自治、自养、自传，断绝与海外教会的一切联系，建设“新中国下的基督教”。1951年，在基督教内开展控诉运动，批判亲美人士。这时，原来主要由西方传教差会支持的各大教派大体上都加入了三自运动，只有一些本土人士建立的教派未加入，如王明道在北京史家胡同建立的基督徒会堂。1952年倪柝声被捕后，本来赞同三自的各地地方教会又纷纷退出。
1954年，基督教三自爱国运动委员会正式成立，吴耀宗出任主席。未参加三自运动的基督教活动则陆续被禁止。
1966年，文化大革命爆发，“三自爱国教会”也未能幸免，吴耀宗被斗，接受劳动改造。1979年9月17日在北京去世。