江苏省水利工程建设局于1995年8月经省委、省政府批准为省水利厅管理的副厅级事业单位，1997年8月经省人事厅批准参照公务员管理。其前身是江苏省京杭运河续建工程指挥部和江苏省水利重点工程指挥部。1997年2月，省政府办公厅《关于印发江苏省水利工程建设局机构改革方案的通知》(苏政办发199727号)明确省水利工程建设局主要职责。
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一、主要职责：二、内设机构三、人员编制和领导职数
一、主要职责：（一）参与省水利重点工程立项前的前期规划、论证工作，负责承担工程项目的初步设计、概算的核转和审批；
（二）负责组织实施省水利重点工程，并对工程建设进行管理；
（三）负责审批省水利重点工程施工图及预算；
（四）负责省重点水利工程施工管理，参与工程竣工验收；
（五）完成省水利厅交办的其它任务。
2005年12月29日，省机构编制委员会办公室以苏编办复[2005]83号同意我局工务处增挂安全监督处，负责全省水利工程建设安全监督管理工作。
二、内设机构根据上述职责，省水利工程建设局内设办公室、政治处、项目处、工务处、财物处5个处室，另设监察室、分党组纪检组（两块牌子、一套班子合署办公）。2005年12月苏编办[2005]83号同意工务处增挂安全监督处。
（一）办公室
协助局领导管理局机关日常行政事务，负责文书、档案、信访、信息、会议、总务及治安工作。
（二）政治处
负责组织人事、劳动工资、职称、老干部、党务、群团、纪律检查和职工思想政治工作。负责机关党总支工作。
（三）项目处
参与省水利重点工程立项的前期规划、论证工作；负责承担工程项目的初步设计、概算的审核；拟定工程建设年度计划。
（四）工务处（安全监督处）
负责工程建设的施工管理；负责审核施工图及预算，负责施工计划安排、征地拆迁和施工质量、进度的监督检查工作；参与组织工程竣工验收。（安全监督处主要职责是贯彻执行国家、水利部和省政府有关水利工程建设安全监督管理的方针、政策，指导全省各级水利工程建设安全监督和安全生产管理机构工作，组织开展全省水利工程建设安全监督检查活动以及组织考核水利工程建设安全监督人员等。）
（五）财物处
负责工程建设资金的筹集、调度及基建财务管理及审计；负责在建工程材料、物资的供应、转换及管理；负责外贷资金的引用及管理。
三、人员编制和领导职数省水利工程建设局人员编制为全额拔款事业编制61名（苏编[2003]10号文同意增加我局事业编制1名，用于安排2002年度转业干部）。领导职数为局长（副厅级）1名，副局长2名。正副处长（主任）10名，其中处长（主任）5名，副处长（副主任）5名。2005年12月苏编办复[2005]83号文同意增加副处级领导职数1名。1998年3月，省人事厅《关于同意省水利工程建设局等部门非领导职务设置的复函》（苏人复[1998]43号）同意设置调研员2名，助理（副）调研员3名。
