后小松天皇是后圆融天皇的长子。1392年，因南朝的后龟山天皇接受足利义满的条件，将神器交还北朝，从而结束南北分裂的局面。
1411年，后小松天皇立自己的儿子躬仁亲王为太子，从而结束了持明院派、大觉寺派交替续统的约定。
1412年8月，后小松天皇让位给12岁的皇子实仁亲王，即称光天皇。
正如幕府将军无视天皇的权威一样，这时日本社会也经常出现守护大名藐视将军，地方下层领主和武士挑战守护大名，甚至武士也不把天皇放在眼里的现象--人们称这种现象为“下克上”。例如，1342年的一天，北朝的光严上皇出巡时碰到一个美浓的守护土歧赖。上皇的近臣喝道：“上皇圣驾到此，快快下马！”土歧赖闻听非但没有下马，反而大怒道：“你说清楚是院驾还是犬驾（日语中‘院’与‘犬’读音相近），若是犬驾，就射他一箭。”说着，真的拔箭而射。他的随从们一哄而上，把上皇车上的帘子扯掉，把车子掀翻，并把上皇身边的公卿打了一顿。事后，土歧赖被幕府处死，但引起下层武士更大的不满。有人说：“如果没有天皇不行的话，就用木雕一个，或以金铸一个，把活的天皇流放天别的地方去，省得惹麻烦。”有人哀叹道：“凤凰生末世，落魄亦堪悲；雉鸡遭野火，被逐无巢归。”这时，天皇朝廷势力式微，形同小诸侯一般。
1402年，明朝建文帝在给日本的圣旨中，称足利义满为“日本国王源道义”。足利义满在致明朝皇帝的国书中也自称“日本国王臣源”，幕府将军已成为国家最高权力的代表，足利义满自称“源道义”是因为足利氏是清河源氏的后裔，即清和天皇的嫡派子孙。就是后来的德川幕府家也是来自清河源氏，所以幕府将军的掌权不过是天皇的彼一支代替此一支而已。
南北朝统一之后，足利义满并没有履行自己当初的诺言，即仍旧恢复大觉寺派与持明院派天皇迭立的传统。南朝的皇族、公卿、将士异常愤慨，后龟山天皇也后悔不迭。1410年，后龟山逃出京都，再次在吉野山区建立南朝，史称后南朝。南朝的皇室后裔和臣子们为了恢复旧业，又不断地进行了将近半个世纪的半争。1443年9月，曾在一伙强徒潜入皇宫，将神剑、神玺抢走，并以此拥戴南朝的皇胤反对幕府，事败后南朝皇族后代多人被杀。1457年，又是一起类似事件，牵连得南朝皇族几乎灭绝。
南北朝统一后，全国性战乱已经停止，大守护们的野心也得到适度的抑制，足利义满于1394年，让位给9岁的足利义持。他自己任太政大臣，在京都修建巨大的豪华宅邸--其中有讲究的鹿苑和辉煌的金阁寺，穿着中国明朝皇帝赠送的龙袍优哉悠哉。但是，足利幕府又面临着新的政治危机。
另:后小松的儿子就是大名鼎鼎的一休和尚
