重庆市交通行政执法总队成立于2005年6月29日，是重庆市人民政府将原属重庆市公路局、重庆市道路运输管理局、重庆市港航管理局、重庆市交通征费稽查局履行的行政监督处罚职能和重庆市高速公路行政执法总队承担的综合执法职能进行重新整合、配置，而组建的隶属于重庆市交通委员会并统一行使交通监督处罚职能的综合行政执法机构。
重庆市交通行政执法总队机构规格为副局级，机构统一使用行政执法专项编制，行政执法人员按照公务员的管理方式进行管理，内设综合处、政治处、财务处、法制处、科技信息处、执法处6个职能处室，下设4个直属单位，即重庆市交通行政执法总队直属支队、重庆市交通行政执法总队高速公路第一支队、第二支队、第三支队，其机构规格为正处级。其中，重庆市交通行政执法总队直属支队下设1个水上执法大队、10个执法大队，主要负责主城九区交通行政执法工作；重庆市交通行政执法总队高速公路第一支队（管辖路段为成渝高速、渝宜高速东环至云台段、渝邻高速、渝武高速、渝黔高速、长涪高速、渝遂高速、绕城高速）、第二支队（管辖路段为渝宜高速云台至巫山段、垫恩高速、万开高速）、第三支队（管辖路段为渝湘高速大观至洪安段）负责高速公路交通安全、公路运政、公路路政三项职能。
重庆市交通行政执法总队将以“三个代表”重要思想和十六届五中全会精神为指导，在市委市政府及市交委的正确指导下，坚持以人为本，牢固树立科学发展观，培养依法行政、执法为民，服务交通、奉献社会的建队理念，打造一支廉洁公正、作风优良、业务精通、素质过硬的交通行政执法队伍，为推进我国交通综合行政执法试点工作，促进和谐交通建设而努力奋斗！
