伊贺跟甲贺对忍者事业的最大贡献就是对忍术的理论基础和技能作出了系统化，编出了一本忍者的修炼宝典——《万川海集》。虽然流派不同，忍者们修练的经典都是《万川集海》这本书，这本书的内容就是教导忍者如何施行忍术的一切理论基础与技能指导。在德川家族第四代将军德川家纲时代的延宝4年（1676年），甲贺的隐士藤林保武结合中国和日本历代名将的思想与武学精华，参照《六韬》和《孙子兵法》的内容写成了集忍道、忍术、忍器于一体的忍者究极修行指南。并参照中国古籍《文选•左思•吴都赋》中的“百川派别，归海而汇”思想，将书命名为《万川集海》。正如书名所示，《万川集海》就是海纳百川取各流派精髓的意思。《万川集海》由正心、将知、阴忍、阳忍、天时、忍器六部分组成。此书成为了后来忍者修行的必读教材。《六韬》和《孙子兵法》是对《万川集海》及忍术整体发展影响较深的两部古代著作，由此也可以看出，这些中国古代的军事武学思想为以后日本忍术的发展壮大奠定了充实的理论基础，这是忍术最早的确源于中国的明证，可以说《万川集海》是日本人学习中国古代军事精华和密术玄学修炼之道后的概括总结
首先介绍一下《万川集海》的结构。大体上来说，由以下的六个部分组成：“正心”、“将知”、“阳忍”、“阴忍”、“天时”、“忍器”。下面简单介绍一下各部分的内容：
1.忍术的起源和发展以及忍者的精神纲领。
“正心”表述了忍术的起源和发展，以及忍者的精神纲领，强调了“正心”是第一位。
2.忍术的方法论。
“将知”也就是关于在与敌对阵时如何使用忍者的方法论。
3.阳忍。
“阳忍”是从谋策、计略以及思考方式上所包含的忍术精义。
4.阴忍。
“阴忍”是指如何使用避人耳目的藏身方法，以达到乘敌之隙的目的。
5.忍术和天文、气象。
“天时”是忍术与天文、气象相关的知识。
6.忍术的道具。
“忍器”是对忍者使用道具的说明。计有登器、水器、开器、火器。
“万川集海”的目次如下：
卷一 目录问答
卷二 正心 一（上）
卷三 正心 二（下）
卷四 将知 一 忍法之事
卷五 将知 二 期约之事
卷六 将知 四 不入忍法之事
卷七 将知 五 忍法之事
卷八 阳忍 上 远入之事
卷九 阳忍 中 近入之事
卷十 阳忍 下 目付事
卷十一 阴忍 一 城营忍上
卷十二 阴忍 二 城营忍下
卷十三 阴忍 三 家忍之事
卷十四 阴忍 四 开户之事
卷十五 阴忍 五 忍夜讨
卷十六 天事 上 遁甲日时之事
卷十七 天事 下 天文之事
卷十八 忍器 一 登器
卷十九 忍器 二 水器之事
卷二十 忍器 三 开器
卷二十一 忍器 四 火器
卷二十二 忍器 五 火器
在《万川集海》里介绍了很多忍器，有很多忍器都配上了图来说明，对于不是很了解忍者的人来说，在视觉上是具有相当的冲击力的。但是只要看看这些图片，就会发现一些很有趣的现象。比如说在这些忍器中没有什么材料和制作很豪华的。其次，对于不少人来说，一想起忍者，脑子里首先的反应就是忍者的手里剑。然而在《万川海集》里却根本看不到手里剑的图片。
