南京市人事局内设10个职能处室和1个直属行政机构。
（一）办公室（政策法规处、人事人才研究所）
协助局领导对机关、直属单位政务、业务工作进行综合协调和督促检查；负责拟定工作计划，撰写年度工作报告；负责重要会议、活动的组织、文电处理、信息综合、秘书事务、档案、信访、保密保卫工作；负责市人大建议和市政协提案的办理工作；负责机关公共事务和行政后勤工作；负责局机关和直属单位财务和固定资产管理工作；牵头负责全市人事系统先朝气评比表彰工作。
负责人事政策的综合调研和政策法规的研究起草；起草局领导重要讲话及其他重要文稿；研究拟定全市人事制度改革总体规划，综合协调人才资源开发、公务员制度的推行工作；组织指导事业单位人事制度改革，负责事业单位聘用合同制的推行；协调指导企业单位人事制度改革；负责规范性文件的审核工作；监督检查人事政策法规执行情况；负责公务员法制宣传教育工作；承担本局行政复议工作；负责人事新闻宣传工作。
负责我市人事制度改革和构建南京市人才高地有关课题的研究；参与高层次人才引进、开发、使用等方面的研究；探讨整体推进人才资源开发的思路及对策。
（二）计划信息处
负责编制全市人事人才中长期发展规划，拟定全市人才资源开发和人才结构调整计划，跟踪分析有关人才信息数据，定期发布全市人才资源开发的进展情况；编制和下达全市机关、事业单位人员计划和工资计划并进行管理，负责机关事业单位工资基金的宏观管理与监督，牵头拟定事业单位深化分配制度改革的办法并组织实施；负责市直机关事业单位临时性用工的审批；负责国家机关向社会招收人员计划的编制与下达；会同有关部门编制非农业人员控制计划及“农转非”计划；负责全市人才资源统计和机关事业单位人员与工资统计工作。
（三）流动调配处
负责国家公务员录用、调任、转任、轮岗和回避的管理工作；负责全市机关、事业单位工作人员的考试、录（聘）用工作，以及全市农村户口人员考试录用为国家公务员的审核、报批工作；负责全市各类人才市场和人才流动工作的宏观管理、搪法检查和指导、协调、监督工作；负责人才交流中介机构、人才考评机构的审批工作；负责市区机关、企事业单位、中央驻宁单位人员跨地区调配工作和各在政策性人员安置工作；管理乡镇选聘制人员的工作；承办我国驻外使馆工勤人员的选派及其配偶随调、探亲的审批工作；负责部分因公出国（境地）人员的政审工作。
（四）考核任免奖惩处（人事争议仲裁处）
拟定全市国家公务员职位分类、考核、奖励、纪律、惩戒、职务升降、职务任免、申诉控告、辞职辞退、竞争上岗等实施细则并组织实施；研究拟定事业单位人员的考核、任免、奖励、惩戒、辞职辞退等实施办法并组织实施；负责机关事业单位年度考核备案工作和年度考核奖的审核工作；拟定国家公务员非领导职务设置办法并组织实施；负责管理政府奖励、表彰工作，审核以市政府名义奖励表彰的人员和奖励表彰活动；承办市政府任命人员按法律程序和行政任免手续。
负责各类人事争议的调解和仲裁工作，拟定人事争议仲裁的办法规定的办案规则；负责事业单位工作人员聘用合同的鉴证。
（五）培训教育处
负责管理全市国家公务员的培训教育工作；拟定全市国家公务员培训教育规划、计划并组织实施；会同有关部门组织公务员出国培训；参与行政学院的公务员培训工作，指导市行政学院的业务工作；负责指导全市专业技术人员的继续教育工作；参与制定本市有关培训教育的政策规定、法规及成人教育年度招生计划；指导并组织全市人事系统的培训工作。
（六）专业技术人员管理处（市毕业生就业工作办公室、留学人员和国际交流合作处）
负责拟定全市专业技术人员管理的政策规定；负责国家“百千万人才工程”人选、国家和省市有突出贡献专家和享受政府特殊津贴人员的选拔、培养和管理工作，配合有关部门组织省“333工程”人员的选拔和培养工作；负责全市专业技术人员农村家属户口迁往城镇的审批工作；负责企业博士后工作站、企业博士后技术创新中心的申报和管理工作；综合管理全市大中专毕业生就业工作，研究制定毕业生就业的政策规定，编制就业计划并组织实施；办理各类大中专毕业生的就业手续，参与高校和中专校招生计划的制定。
综合管理全市留学人员工作，研究拟定留学人员来本市安置和留学人员智能力引进的政策规定；负责留学人员学历与资格的审定；负责来本市工作、创业和短期交流的留学人员安置和管理工作；负责留学人员专项资金的筹措、使用和管理；指导协调本市在国（境）外举办的专业技术人才市场和招聘工作；联系、联络海外留学人员‘协调管理本市留学人员创业园区；负责拟定人事工作方面的国际交流合作计划并组织实施；负责本市派往国际组织职员的考试、选拔和非教育系统公派出国留学人员的选拔、申报和管理工作。
（七）专业技术人员职称处（市职称工作领导小组办公室）
综合管理全市专业技术人员职称工作；负责管理全市专业技术职务岗位设置和结构比例，推行专业技术职务聘任制度、专业技术执业资格制度、专业技术资格考试制度和评聘分开的职称管理制度；负责组建和综合管理全市专业技术资格评审委员会，负责拟定全市各系列专业技术资格评审条件；负责管理全市各类专业技术资格考试工作；会同有关部门监督检查职称（资格）考试政策团长执行情况；指导民营科技企业、乡镇企业人员和农村实用人才职称评定工作；推进职称评审的社会化；承担市职称工作领导小组的日常工作。
（八）军官转业安置处（市军官转业安置工作小组办公室）
负责落实国家和省军官转业安置工作的政策规定；会同有关部门制定全市军官转业的安置方案并组织实施；负责在的部属单位接收军官转业的安置工作；负责自主择业转业军官就业指导和服务保障工作；负责转业军官的雠及有关事项的办理工作；承担市军官转业安置工作小组的日常工作。
（九）工资福利与退休处
综合管理全市机关、事业单位工资福利和工作人员退休工作；根据国家和省的有关政策，研究拟定全市机关、事业单位工作人员的工资、津贴、奖金、福利和退休、退职的实施办法并组织实施；具体承办市直单位和在宁部属单位工资基金审批工作；负责机关、事业单位工作人员工龄计算和参加工作时间的核定工作；负责指导全市机关、事业单位退休、退职人员的管理服务工作；负责市级机关、事业单位和在宁部属单位工作人员退休（退职）费、提高退休费比例的审批工作；负责高级专家延期退休的审批工作；指导老年人才资源开发工作；研究拟定机关、事业单位工勤人员岗位管理办法并组织实施；指导机关、事业单位工人技术等级的定级、考试、考核和升级工作；参与机关事业单位社会保险政策制定及检查监督工作。
（十）人事处
负责局机关及所属事业单位的机构编制、人事管理等工作；负责局机关及所属事业单位离退休干部的管理服务工作；负责局机关及所属事业单位的财务审计工作。
机关党委。负责局机关及所属事业单位的党群工作。
另按有关文件规定设置纪检监察机构。
（十一）直属行政机构：市外国专家局（市引进国外智力领导小组办公室）
综合管理全市智力引进和外国专家工作；研究拟定全市智力引进和政策规定、项目计划并组织实施；编报全市引进国外智力专项经费分配方案长监督执行，负责引进国外智力专项资金的筹措、管理和使用监督；负责全市引进国（境）外技术、管理等方面专家项目的审定和管理工作；承担有关智力引进的对外联络与交流合作；建立智力引进成果的推广体系并组织实施；负责审定全市各类出国（境）培训的项目计划和方案，并组织实施；参加市因公出国人员会审工作。
