定义真菌共生者是大多数植物其根系统吸收营养所必需的。这些真菌提高了植物对土壤养分的吸收能力，另外，有些真菌则被确定能促进植物生长。然而，其中的具体机制目前还并不是很清楚。
简介德国研究人员以共生真菌Piriformospora indica及拟南芥为材料，对真菌、拟南芥进行单独培养和共培养，应用高效液相色谱-质谱联用技术分析培养后得到的培养基里边的吲哚乙酸（IAA，生长素的一种）、脱落酸（ABA）等激素的含量。结果表明，真菌生长的培养基中IAA的含量接近1.5μM，而不含真菌的对照培养基中其含量只有大约0.1μM。观察拟南芥的生长情况，可以看出与真菌共生的根明显较短且分支较多。研究人员由此推测，生长素引发的根系分支提高了植物摄取土壤养分的能力，从而促进了植物的生长。此外，对拟南芥根系的细胞学观察得出，真菌在拟南芥根表皮细胞中可形成厚壁孢子或高度分叉的菌丝。 有些真菌和植物共生形成菌根,可以促进植物的生长,增强植物的抗逆性;丛枝菌根真菌是一类与高等植物共生的真菌,菌根是土壤中某些真菌侵染植物根部，与其形成的菌-根共生体。包括由内囊霉科真菌中多数属、种形成的丛枝状菌根(简称AM菌根，Arhusclar mycorrhiza)、担子菌类及少数子囊菌形成的外生菌根、以及与兰科、杜鹃科植物共生的其他内生菌根和由另一些真菌形成的外-内生菌根等。与农业生产关系密切的是AM菌根真菌，它是土壤共生真菌中分布最广泛的一类真菌，至少可以与200个科的20万个种以上的植物行共生生活。AM菌根对宿主的有益功能AM菌根侵染到宿主根部形成椭圆形泡囊，还将菌丝伸延到土壤中去，从而扩大了吸收面，帮助宿主吸收磷、钾、硫、钙、锌、铁、铜等营养元素及水分，使宿主的产量增加和品种提高。最近又发现AM菌根对重金属的”解毒”功能及其他抗逆作用。
作用细菌中的共生固氮菌可以和豆科植物，兰科植物等共生，比如根瘤菌，他们可以固氮，为植物提供珍贵的氮素营养，有利于植物的生长。
弗兰克氏菌科 （Frankiaceae）放线菌目的1科。本科放线菌与非豆科植物共生形成根瘤并能固定大气中的氮。至今已发现15属约160种植物与这类微生物共生。由于感染部位的刺激，许多变形侧枝集结在一起并重复分枝形成不规则球形体，直径可达几厘米。根瘤可分为：①桤木型，根瘤上小根短，形成栅状球团；②杨梅型，根瘤上小根长，大部向上，形成丛根状体。
林业发展中，为了提高产量，在移植树木的时候必须保留根部周围的土壤，以便接种相应的共生菌，提高植物的成活率和产量，在共生菌的研究中要重点研究共生菌共生方式，筛选出优良的菌种，并找到适合的接种方法，维护并促进植物和微生物之间的良好的共生关系，促进林业的发展，和生态系统的良性循环。[1]
