主要职责(一)指导全国水利工程移民工作，拟订水利工程移民政策规章，组织起草水利工程移民法律法规并监督实施。
(二)归口水利工程移民行业管理工作，指导水利工程移民统计、业务培训和信息管理工作。
(三)承担中央审批(核准)的大中型水利工程移民安置规划大纲审批和移民安置规划审核工作，组织实施水利工程移民安置验收、移民安置监督评估等制度。
(四)承办对各省(自治区、直辖市)水库移民后期扶持政策执行情况的指导、督促、检查工作，承担全国水库移民后期扶持政策部际联席会议办公室的日常工作。
(五)指导大中型水库移民后期扶持规划、大中型水库库区和移民安置区基础设施建设和经济发展规划的编制，承办新建大中型水库移民后期扶持人口的核定工作，组织全国水库移民后期扶持政策实施的监测评估工作。
(六)组织对大中型水利工程移民安置和水库移民后期扶持相关规划实施的稽察和内部审计。
(七)组织编制水利扶贫政策研究和水利扶贫规划，组织开展定点扶贫和对口支援工作，承担水利部扶贫领导小组的日常工作。
(八)承办水利部交办的其他事项。
内设机构根据职责，局内设办公室(人事处)、政策法规处、行业管理处、移民安置处、后期扶持处、稽察处和资金管理处(审计处)。水利部扶贫领导小组办公室设在水库移民开发局。
人员编制核定局事业编制39名。其中，局级领导职数4名，处级领导职数l6名。
