北京三元农业有限公司成立于2001年。她的前身是北京市金垦科贸发展有限公司，金垦公司属于纯国有企业。2001年作为集团公司的改革试点，率先进行改制，由纯国有改制为股份制企业，名字改称北京三元农业有限公司，集团公司以90.3%的比例成为三元农业的第一大股东，控股三元农业。另有北京市巨山农场、山东农业大学、绿远信息公司和44名自然人股东共同组成北京三元农业有限公司。
2008年10月8日重组三元农业。
三元农业重组后股东变为三个；东北旺农场为控股股东，另有北京市巨山农场和山东农业大学。三元农业由上庄路两侧的1000亩地、双塔河南、北两块800亩地以及巨山的59亩地和北沙滩的房产作为最主要资产及资产载体。
北京三元农业有限公司是北京三元集团下属农业专业公司，公司注册资金3000万元，总资产7000万元，总部在北京市海淀区上庄镇。集科技开发、技术咨询、良种(苗)繁育、绿化工程、种子、种苗营销、蔬菜生产配送和旅游观光、休闲娱乐为一体的经济实体。
公司经营范围：种植、配送、销售农作物；配送、销售农业生产资料；技术开发、技术咨询、技术服务、技术转让、技术培训、货物进出口。