泉州开元寺早就有桑生白莲、桃开红莲的传说，其实还有一段“石生牡丹”的故事鲜为人知。
进开元寺须经三门（山门），也叫天王殿。山门面积427平方米，以24根唐代风格的棱形大石柱（每根围径2米），分成4排顶托着悬山式屋顶。两厢木栅栏里有《宝积经》所说的天神勇郡王两个最小的儿子法意（密迹金刚）和法念（梵王）。
元至正十年（公元1350年），山门有契玉立所署的“泉南佛国”四字。契玉立字世玉，畏吾（新疆）人，是当时设在泉州的“福建平海行中书省”的达鲁花赤（官名），位高相当于知州事节度使。他见诸路兵乱，子城只有行春、肃清、崇阳三门，曾命人增修谯楼，取名威远，又南拓罗城，砌壕沟石自通淮绕德济过南薰门，浚疏皆契玉立与总管府孙大英立功。契玉立兴学校，修桥梁，赈贫乏，举废坠，考示图志，搜访旧闻，聘三山吴鉴成《清源续志》20卷，培养14岁神童蔡元。他所署的“泉南佛国”，应是取自朱熹手书对联“此地古称佛国，满街都是圣人”。
据说开元寺原来有120支院，设117区，和尚成万，为煮僧粥设有粥院，铸人可没顶的百僧铜镬。元代晋江人廖恒白（僧名释大圭）出家开元寺，曾惊叹：“熔铜百沸可沾唇，惭愧杨歧斗钉新。甘露作羹云作饭，全开鼎镬陷平人。”
《开元寺》建置篇云：“三门始创自垂拱三年（公元687年），有石柱生牡丹之瑞。”传说这种“牡丹”黄、红皆有，可治病。石柱如何能生“牡丹”呢？这与泉州的地理环境有关。1000多年前的泉州，丘陵、森林、阡陌占大部分，开元寺原为黄守恭桑园，至宋象峰巷与甲第巷之间还是小山丘陵，气候潮湿，常有云雾低垂（紫云覆寺）。三门原为土质地面，石柱底下生出“牡丹”色状苔藓植物，不足为奇。《本草纲目拾遗》“禹穴石”条云：“产四川龙安府石泉县石纽乡，以红如噀血者佳。四川通志：出石泉禹穴下，石皮如血染，气腥，以滚水沃饮之，能催生，治难产。”倘若当时石柱有类此者，看上去就有点像“牡丹”了。《柑园小识》还提及一种叫“桃花盐”的石头，春红似桃，秋冬转白，入春乃红，可治胃病，跟“石上牡丹”也有点像。
元泰定四年（公元1327年），寺僧果照在三门之外左修“八吉祥”坊，右修“六殊胜”坊，记有开元寺“石生牡丹”神瑞。山门几经火灾，宋绍兴二十五年、元泰定四年春均遭火灾而复建，明洪武、万历又重修。现存建筑为1925年所修。
