黄岐湾位于北纬26°17′～26°22′，东经119°47′～119°57′。在黄岐半岛畚箕山与定海角之间。水域面积约200平方公里。该湾三面环山，湾口向东南敞开，宽约5.5公里，外侧有紫岩、平屿水道；内两侧有弓礁和黄湾屿，湾内1.2公里内为浅滩和礁石，水深2～14米，落潮时流速1～2节。平屿水道宽约750米，水深7～19米，西南侧的平屿航道宽4链，水深7米以上，泥和泥沙底，系小型船只常用的近岸隐蔽航道；东侧的紫岩航道，水深多在20米以上，最窄处200米，航道北侧和紫岩周围有险恶礁群。
沿湾道头15座，其中黄岐道、高塘道两座是新建的，其余均系各个村庄客货运集散点，随潮汐涨落，利用滩地或岸边等天然条件停靠船舶，集散客货。湾内有两个锚地，一是黄岐湾锚地，在黄湾屿与拱砂牛连线内侧，水深4～8米；一是黄岐锚地，在红厦山的东方黄岐镇西南方，水深2～7米。