阜南实验中学系阜南师范学校于1997年转制组建而成。原阜南师范学校成立于上世纪50年代。
阜南实验中学2002年4月在全市率先通过专家组评估验收，被命名为“阜阳市特色示范中学”；阜南教师进修学校被市教育局确定为“阜阳市中小学教师继续教育中心”。
2001年首届高中毕业生78人参加毕业考试，本科达线14人；2002年本科达线63人；2003年本科达线86人；2004年本科达线271人（含艺体）；2005年高考本科达线350人（含艺体），其中王翠同学以620分的成绩荣膺县“文科状元”。另外中小学校长、教师的培训工作成绩显著，，先后承办中小学校长岗位培训班、提高培训班、研修班共15期，培训校长3450人次，学历培训5100人次，学历提高培训410人。乡镇转岗分流人员和新教师培训670人，骨干教师培训100人，全员培训、校本培训参训8750人。
2005年被命名为“安徽省语言文字示范学校”，并通过国家示范性县级教师培训机构评估验收。
