机构设置巴市农研所成立于1955年，是隶属于巴市农业局的准处级建制的综合研究所。下设12个科室，一个开发中心，其中科研研究科室有小麦室、玉米室、葵花室、园艺室、生物工程研究室、植保室。
人员编制1998年机构改革被上级部门核实人员编制168人，现有在职职工110人，中、高级科技人员60名，其中高级以上职称科技人员13人。
科技投入是国家财政全额拔款支持的公益型事业单位，除人员工资、公务费外,市财政年拔三项科技经费、南繁南育经费20万元左右。近年来先后申请获得国家星火、自治区攻关、农业厅重大招标等科研项目多项，这些经费和本所下设开发中心年经营创收30万元的70%，均用于科技投入。
基础设施“十五”以来，对原有3000平方米科研办公大楼进行改造装饰，接通巴市信息网络平台，配套网络计算机20多台和先进的多媒体电教室。通过科技示范园区建设，建成面积达800亩井黄双灌的试验耕地；园区内新修公路3000米；建起先进的生物工程研究使用实验温室2000平方米，用于向日葵繁制亲本隔离网室6座。检验测试中心拥有仪器设备100多台（套），开展农作物品质、纯度、油脂检测分析和土壤、肥料、植物样品营养成分化验分析等。新建双低库400平方米，品质资源库500平方米。开发中心现有种子加工、贮藏车间2000平方米，晒台5000平方米，拥有集种子生产、加工仪器设备20多台（套）。
总体水平、运行情况主要职能是以农作物新品种选育、引进为主，同时开展农业新技术研究、引进和推广等项研究工作。育种手段先后采用引种鉴定、系统选育、杂交育种、辐射育种、单倍体育种、抗盐育种、非配子融合育种、优质栽培、花培、轮回选择、诱变等。现有各类作物品种资源2万多份。综合档案室于1998年晋升为国家二级科技事业单位管理标准。小麦育种研究小麦育种研究一直是我所科研工作的重点，是国家、自治区小麦育种攻关参加单位，先后选育出小麦品种30多个，积累了大量基因材料，其中15个小麦品种通过自治区审定命名，占全区水地小麦审定命名的1/3。为巴市小麦品种五次大的更新轮换做出了巨大贡献。小麦新品种“巴优1号”品质指标达到国家优质强筋小麦一等品质标准，产量比“宁春4号”增产7.69%，2004年通过国家审定，被确立为2004年国家星火项目，并获科技部转化资金项目资助。小麦育种攻关项目2004年获自治区科技进步一等奖。玉米新品种选育玉米新品种选育是自治区“十五”攻关参加单位，承担国家自治区多项区域试验。“九五”期间我所选育出高产、优质蛋白玉米新品种“巴单3号”1999年通过自治区审定命名，现已成为河套灌区主栽品种，并在宁夏、甘肃、四川部分地区种植，累计推广面积在500万亩以上，2004年获自治区科技进步三等奖。“巴单4号”、“巴单5号”、“巴单6号”通过自治区审定、验收并申请国家品种权保护。后备有苗头品种正在参加自治区区试和生产试验。向日葵新品种选育向日葵新品种选育近年育成油用向日葵新品种“巴早葵1号”生育期80天，亩产150公斤，主要用于救灾，复种和新开荒地种植，新育成的三系杂交种“巴葵杂2号”“巴葵杂4号”产量和含油度均高于对照，适宜在巴市及同类地区种植，2003年通过自治区审定。此外油葵有苗头的品种和食葵新品种巴葵128正在参加自治区区试。承担的自治区农业厅重大招标项目“优质油葵生产技术及产业化项目”2004年顺利通过验收。西甜瓜新品种选育根据市场需求，于1998年开始开展了西甜瓜新品种选育项目，开展常规材料单株自交系提纯选育，单雌性基因转育，杂交品种基因型纯化家系选育，2004年与内蒙农大生物工程系合作进行河套蜜瓜耐贮性基因试验。现已选育出含糖量高、口感好，耐贮运的甜瓜新品种“甘甜蜜”、“ 乳香蜜”正在参加自治区区试。
近年来还开展了利用生物技术进行组织培养，蜜瓜保鲜，枸杞无公害生产技术，蔬菜、牧草新品种引选，富硒小麦增硒技术推广等项目，均已取得显著成效。
发展趋势一是按照生产需求，准确把握科研方向，做好重点课题研究，加快优质高产新品种选育步伐，提高科研成果推广速度。二是发挥优势，用好资源，改革内部资产运行机制，实现所内效益快速持久稳定增长。三是创新运作机制，强化内部管理，确保目标的完成。
对经济发展的支撑五十年的农业科学研究成果为巴市农业生产品种更新换代提供了良种，促进了种植业品种结构向优质高效化方向调整，极大地促进了巴市农牧业的发展，科研成果和实用技术的推广据测算为社会创造经济效益达50亿元。
成果建所以来共取得科研成果171项，其中获省部级奖18项，地市级奖47项，获国家专利1项。
