卫生部卫生经济研究所于1991年经国家编委批准成立，是隶属于中华人民共和国卫生部的国家级研究机构。主要为国家卫生发展战略和卫生体制改革研究提供决策咨询和建议；为制定卫生领域宏观经济政策和微观经济管理提供理论依据；开展多部门相关领域综合研究以促进国际学术交流与合作；协调管理中国卫生经济网络开展政策研究、全国大学卫生经济和卫生管理专业教师培训、省级卫生管理干部培训、开展卫生发展与卫生政策咨询服务；负责全国新型农村合作医疗的研究和技术指导与管理工作。
近年来研究所的学术研究主要侧重于以下几个方面：医院改革与管理、卫生发展与政策、卫生费用核算、卫生医药技术经济评价、卫生成本测算、国际卫生研究、医疗保障、卫生服务体系、政府事务以及卫生经济信息等领域。
此外，卫生经济研究所还设有中国卫生经济培训与研究网络、卫生部新型农村合作医疗研究中心、中国卫生经济学会和中国卫生发展论坛4家相关机构的办事处，共同为促进我国卫生政策和经济事业的发展献策献力。
