北京市卫生监督所是北京市卫生局依法在全市行使卫生监督执法职能的执行机构，目前负责执行6部法律，25部行政法规，5个地方性法规，200多个部门规章，以及卫生部和市卫生局发布的规范性文件，依法承担着保护广大市民健康的重要职能。
北京市卫生监督所成立于2000年6月30日，2005年核定编制155人，领导职数1正3副；2005年6月成立党委，设专职书记1人、副书记1人、兼职副书记1人。所内现有职工164人（男83人、女81人），其中：专业技术人员152人，正高级职称3人，副高级职称20人，中级职称61人，初级职称51人。现有博士研究生学历1人，硕士研究生学历8人，本科生93人，大专生37人，中专生14人。现设5个职能科室（办公室，党办工团，人保科，财务科，总务科）和9个业务科室（卫生监督一科，卫生监督二科，卫生执法监督信息中心，法规督察科，应急执法指挥中心，卫生许可受理审核中心，大型活动保障中心，监督执法一队，监督执法二队）。
北京市卫生监督所的主要职责是：依法监督管理食品、消毒产品、生活饮用水及涉及饮用水卫生安全产品；依法监督管理公共场所、职业、放射、学校卫生等工作；依法监督传染病防治工作；依法监督医疗机构和采供血机构及其执业人员的执业活动，整顿和规范医疗服务市场，打击非法行医和非法采供血行为；承担法律法规规定的其他职责。2005年9月开始，承担市卫生局卫生监督处相关职能。
