用溶菌酶处理细胞或在培养基中加入青霉素、甘氨酸或丝裂霉素 C 等因子，便可破坏或抑制细胞壁的形成，成为细胞壁缺陷细菌，通常包括原生质体、原生质球和细菌 L- 型。用溶菌酶除去革兰氏阴性菌细胞壁时，若先用乙二胺四乙酸 (EDTA) 处理外壁，则效果更好。
原生质体 (protoplast) 在革兰氏阳性细菌培养物中加溶菌酶或通过青霉素阻止其细胞壁的正常合成而获得的完全缺壁细胞称原生质体。原生质体由于没有坚韧的细胞壁，故任何形态的菌体均呈球形。原生质体对环境条件很敏感，而且特别脆弱，渗透压、振荡、离心以至通气等因素都易引起其破裂。有的原生质体还保留着鞭毛，但不能运动，也不能被相应的噬菌体感染。原生质体在适宜条件下同样可生长繁殖，形成菌落，其他生物活性基本不变。如用即将形成芽孢的营养体获得的原生质体仍可形成芽孢。原生质体的获得，给微生物学工作者提供了另一种类型的生物学实体，用原生质体融合新技术，可培育新的优良菌种。
原生质球 (Spheroplast) 指细胞壁未被全部去掉的细菌细胞，它呈圆球状，可以人为地通过溶菌酶或青霉素处理革兰氏阴性细菌而获得。该类菌细胞壁肽聚糖虽被除去，但外壁层中脂多糖、脂蛋白仍然保留，外壁的结构尚存。所以，原生质球较之原生质体对外界环境具一定抗性，并能在普通培养基上生长。
细菌 L- 型 (bacterial L-form) 是细菌在某些环境条件下因基因突变而产生的无壁类型。细胞呈多形态，有的能通过细菌滤器，故又称“滤过型菌”。 L- 型菌落生长缓慢，一般需经 2-7 天方见到针尖样小菌落，中心部分深埋于培养基内，呈典型的“油煎蛋”状。这些变异型，有些是能回复至亲代的“不稳定”变异株，有些是不能回复的“稳定”变异株。由于它最先被英国 Lister 医学研究院发现，故名细菌 L- 型。
周质空间 (Periplasmic space) 又称壁膜空间，指位于细胞壁与细胞质膜之间的狭小空间。内含质外酶。质外酶对细菌的营养吸收、核酸代谢、趋化性和抗药性等常有重要作用。质外酶的种类和数量随菌种而异，目前已在细菌 ( 尤其是 G - 细菌 ) 中发现的质外酶主要有： RNA 酶 I 、 DNA 内切酶 I 、青霉素酶及许多磷酸化酶等。
