原名山谷寺，又称三祖寺，位于安徽省潜山县天柱山风景区。
乾元寺建于南朝梁天蓝六年(507)，武帝萧衍(号佛心天子)赐名“山谷寺”。隋大业二年(606)，禅宗三祖僧璨在此向四众弘法时立化，并葬于寺后。唐天宝四年(745)，舒州别驾李常在此得五色舍利，建塔奉之。肃宗元年(756)，赐寺名“三祖山谷乾元禅寺”。代宗大历七年(772)册谥舍利塔曰“觉寂”。此后，寺、塔几经兴废。元末，寺遭兵燹，唯塔独存。明清时重建。
乾元寺坐落在风景秀丽的天柱山中，为苍峰环绕、万翠环抱，确是灵山圣地。寺院周围有许多名胜，如宝公洞、三高亭、立化亭、锡杖井等。寺内主要建筑有山门、大雄宝殿、觉寂塔(俗称“三祖寺塔”)、藏经楼等。
1979年，政府有关部门拨款整修了觉寂塔。1982年修复了藏经楼。1983年，该寺被定为汉族地区全国重点寺院。
