北京大学医学教育研究所成立于1981年，原名北京医科大学医学教育研究所，是我国医学院校成立的第一个医学教育研究所，北京医学院老院长马旭教授担任首任所长，历任所长由主管教学校长或医学部主管教学副主任担任。
医学教育研究所于1982年开始主办《医学教育》杂志，这是我国第一份正式出版的医学教育学术刊物，并作为中华医学会医学教育学会和中国高等教育学会医学教育专业委员会会刊。2006年，《医学教育》杂志更名为《中华医学教育杂志》，成为我国医学教育界最具权威性的学术期刊之一。
医学教育研究所还承担着卫生部所属的中华医学会医学教育学会和教育部所属的中国高等教育学会医学教育专业委员会秘书处的工作，两大学会在全国的医学教育界有着广泛的影响力，是教育部、卫生部、所有医药院校和所属的30余个学组和研究会的沟通桥梁。医教所通过组织医学教育立项课题研究和国内外学术交流，曾承担了教育部委托的医学教育评估等任务，在医学教育研究领域发挥了重要的作用。
20世纪80年代医学教育研究所还是卫生部的国家医学教育发展中心。20世纪90年代与美国伊利诺伊大学联合举办医学教育硕士研究生班，为我国培养了首批医学教育硕士。此后还相继举办了全国医学教育管理人员和教师培训班。
目前，医学教育研究所又承担了教育部临床医学专业认证工作委员会和教育部医学教育研究中心秘书处的工作。与公共卫生学院合作探讨医学教育硕士研究生的培养模式等。随着医学教育的发展和教学改革需要，医学教育研究所将努力探索医学教育的发展规律，重视医学教育研究与开发，开展和促进医学教育研究、师资培训、咨询服务和国际国内医学教育的学术交流等，使其成为医学教育学术研究和服务平台。
主要负责人：
所长：王宪
常务副所长：蔡景一
副所长：段丽萍、王维民、董哲、郭立
