闽江下游经常出现洪水。明万历三十七年(1609年)五月二十六日，福州大水五昼夜，城外水深丈余，灾后收埋浮尸千计。民国37年(1948年)6月18日，福州市大水，水位高涨达17尺3寸，三保、义洲一带水深20余尺，历时6天，倒塌房屋1866间，灾民19万余人，死亡77人。由于闽江下游洪水灾害的严重性和危害性，境内农民也曾兴修堤坝。据史籍记载，侯官上街镇修筑有林文坝(修筑年代不详)。明万历十年(1582年)侯官县兴建石门峡坝。清咸丰至光绪年间(1851～1908年)，先后由旗阳镇许、林、赵(村)重修石门峡、□輶、新輶三条坝。继而又修筑清元輶、横輶堤防，从李梅山麓沿龙凤港筑防洪堤，堤长8228米，高约1米，但没有合龙，常被洪水冲毁，淹没田屋，洪害未减。
中华人民共和国成立后，为保障闽江下游人民生命财产安全，50年代初，开始兴建防洪堤工程。1953年9月，建成闽江北港北岸防洪堤，保护省会城市——福州。同年，建成闽侯县荆溪、南屿、南通等防洪堤。1954年，建成建新南、北堤和盖山南、北堤及闽侯上街防洪堤。1956年，建成闽侯甘蔗及竹岐两处防洪堤。1965年，建成城门南、北岸防洪堤。至此，闽江下游大规模的防洪工程体系基本完成。此后，不断维修加固，增高培厚，逐步提高防洪标准。由于1956～1977年间在闽侯县发生8次决口垮堤事故，从1988年4月起，对闽江下游防洪堤进行全面加固(包括堤基渗漏处理)，消除隐患，提高防灾抗灾能力。1992年7月7日，出现有历史记载以来特大洪水，竹岐水文站洪峰流量每秒3.03万立方米，相当“五十年一遇”，北港分流量接近“百年一遇”，洪水被闽江下游防洪堤挡在堤外，保证国民经济的正常发展，保护人民生命财产安全，仅福州市区避免经济损失即达34亿元。
闽江下游有10大防洪堤。其中，北港北岸和建新、盖山、城门等处均由两堤段组成，共有14个堤段。堤的总长度102.87公里，其中土堤长98.14公里，石和混凝土堤长4.73公里。保护耕地15.32万亩，465个村庄，101.09万人。