上海音乐学院音教系，正式创建于 1997 年。 1927 年国立音乐院建校后就设立了音乐教育专业，称之为师范专修科。1958-1964 年间上海音乐学院师范科曾为上海市教育局和各地区教委定向培养了多届音乐教育专门人才。1997年在中央文化部和上海市教委的支持下，在贺绿汀老院长的直接关心下建立了音乐教育系，首届系主任由当时在任院长 江明惇 教授兼任。
该系建立以来，积极引进现代音乐教学法，借鉴国内外先进的音乐教育理 念，2001年在国内首次提出了专业主课围绕音乐教育学理论与实践的思路，确立了本系的学科定位，并逐渐形成具有中国特色的音乐教育体系。为了使音乐教育系的发展方向更加符合现代音乐教育理念，2002 年 1 月和 2003 年初，先后建立了女子合唱团和打击乐团，以作为普及国民音乐教育的载体，在推动我国合唱、打击乐艺术发展的同时，更注重培养和造就团队合作精神 , 增强学生的就业竞争力。
短短几年里，音乐教育系学生在教育部举办的全国高校音乐教育专业基本功比赛中囊括个人第一、团体第一的好成绩；音乐教育系女子合唱团在 2006 年世界合唱比赛中获得一金两银，是中国参赛团队中获奖最多的合唱团。学生在科研方面也显示了一定的实力，多次在国家一级刊物发表专业文章；该系毕业生以其扎实的专业技能，较完善的知识结构，受到社会各界的欢迎和好评。充分显示了音乐教育系的教学实力与实践成果。音乐教育系在科研领域里已经崭露头角，不仅承担了《上海市中学音乐教材》、《上海市中学艺术教材》的编写工作，还承接了中央文化部、上海市教委的科研项目等，尤其对音乐教育学学科建设做出了许多新的探索，如撰写了中英文对照版本的《音乐教育学导论》、工具书《音乐教育手册》、专著《大学音乐鉴赏》等对学科基础框架建设有重大作用的著述。
