2003年，洛阳市汝阳县种子公司与伊川县种子公司发生合同纠纷，洛阳市中级人民法院对此案进行审理。在审理过程中，伊川公司同意对汝阳公司进行赔偿，但在赔偿损失的计算方法上却与汝阳公司存在差异。汝阳公司认为，玉米种子的销售价格应依照国家《种子法》的相关规定，按市场价执行；伊川公司则认为，应当依据《河南省农作物种子管理条例》确定的政府指导价进行赔偿。承办法官、时年30岁、拥有刑法学硕士学位的李慧娟在提交审委会讨论后作出判决：“《种子法》实施后，玉米种子的价格已由市场调节，《河南省农作物种子管理条例》作为法律阶位较低的地方性法规，其与《种子法》相冲突的条款自然无效，而河南省物价局、农业厅联合下发的《通知》又是依据该条例制定的一般性规范性文件，其与《种子法》相冲突的条款亦为无效条款。”2003年10月，河南省人大常委会法制室发文称，经省人大主任会议研究认为，《河南省农作物种子管理条例》第36条关于种子经营价格的规定与《种子法》没有抵触，应继续适用。且“洛阳中院在其民事判决书中宣告地方性法规有关内容无效，这种行为的实质是对省人大常委会通过的地方性法规的违法审查，违背了我国的人民代表大会制度，侵犯了权力机关的职权，是严重违法行为”，要求洛阳市人大常委会“依法行使监督权，纠正洛阳中院的违法行为，对直接负责人员和主管领导依法作出处理，通报洛阳市有关单位，并将处理结果报告省人大常委会”。11月7日，根据省、市人大常委提出的处理要求，洛阳中院党组拟出一份书面决定，准备撤销相关庭的副庭长职务和李慧娟的审判长职务，免去李慧娟的助理审判员资格。
该案虽然是民事案件，但引发了深刻的宪法问题，造成的宪法影响丝毫不亚于被称为“宪法第一案”的齐玉玲案。该案首先反映了中国语境下的司法独立问题。根据宪法、民诉法和法官法的规定，法官的裁判应该具有一定的独立性，但该案主角李慧娟法官在经过审委会讨论后做出的裁判，仍然受到了省人大常委会的粗暴干涉。其次，该案也反映了人大及其常委会与司法的关系。该案可以说是两者关系最有力的证据之一，司法在“往往看起来弱势的人大及其常委会”面前，干起了“严重的违法行为”，昭示的是司法的地位是如何的低下。最后，该案也反映了中国法官的职权——不得进行司法审查。这样的直接结局就是，省人大常委会通过的违反上位法的条例可以造成个案被干涉、法官被撤职这样的结局。看来就不是司法权在制约立法权，而是立法权对司法权的全面的有效的控制。关于“洛阳种子案”的讨论可参见张千帆著：《宪法学导论》，法律出版社2008年版，第189—190页；李晓兵：《宪政体制下法院的角色》，人民出版社2007年版，第101—103页等。
