基因暗物质是指对生物界中的基因内起决定性的物质。
生物学中也有“不确定性”这一概念。决定人们之间相似度的因素可大致分为两类：先天因素和后天因素。前者指基因对人的外貌、行为、患病风险等的影响，后者则指环境因素，例如化学物质、营养、锻炼、吸烟习惯等。基因
基因学家们对家族成员、特别是双胞胎的研究已经取得了显著成果。但对于人们千差万别的相貌和患病几率，家族基因只能做出一小部分解释。生物学家们无法满足于把差异仅仅归因于随机性，多年以来，他们一直在寻找遗传多样化的根源。这一决定性的物质是如此神秘，正与物理学家们用来解释宇宙中种种古怪现象所提出的暗物质十分相像。
有些基因学专家认为生物界的暗物质是对DNA的化学改写，持这种观点的人虽然是少数，但是也正有越来越多的研究者认为DNA序列罕见的改变、复制或缺失是十分关键的因素。
