科学出版中心是科学出版社的核心出版单位，坚持以自然科学各基础领域，包括数学、物理、化学、生物、地理与资源环境以及交叉科学等为出版方向。出版的书类包括基础资料、专著、基础理论、手册（含辞书）、工具书、专业地图等。
本中心一直紧密跟踪学科发展前沿，追求前瞻性、精品化和系列化。围绕国家重点基础研究计划（973）、国家高技术研究与发展计划（863）、国家自然科学基金项目、西部大开发、三峡工程、南水北调工程、中科院知识创新工程重大项目、中国工程院重大资询项目等，我们相继出版了大量成果专著和基础理论图书。被列入国家“十一五”规划重点出版项目的就有：《现代物理基础丛书》、《信息与计算科学丛书》、《半导体科学与技术丛书》、《数学专著丛书》、《现代化学基础丛书》、《生命科学实验指南系列》、《应用生物技术大系》、《生物学大辞典》、《1∶100万中国地貌图集》、《黄土与地球系统》、《中国气候与环境演变》（英文版）、《生物的起源与辐射——华夏化石记录的启示》、《“中国陆地和近海生态系统碳收支研究”研究成果系列专著》、《中国可持续发展总纲》等。另外还有“三志”（《中国植物志》、《中国动物志》、《中国孢子植物志》）、《南水北调文物保护工程项目报告》、“中国出土文物全集”系列丛书（《中国出土玉器全集》、《中国出土瓷器全集》等）、《长江三峡工程项目报告》等大型重点项目。另外，在科技工具书的出版方面，像《英汉化学化工词汇》、《英汉生物学词汇》等，已成为一版再版的常销书。
广泛开展国际合作，是科学出版中心的一大特色。我们近些年在“引进来”、“走出去”方面取得了快速的发展。在引进方面，尤其是在数学、物理、生物技术等板块成果卓著，以翻译、影印、合作出版等形式先后出版了数百种图书，同Elsevier、Springer、John Wiley、Pearson Education、McGraw-Hill、Thomson Learning等国际知名出版集团及特色出版商建立了良好的合作关系。在输出版权方面，以《纯粹数学与应用数学专著丛书》、英文版《中国植物志》（Flora of China）系列为代表，实现了近百种图书的版权输出。
在历届图书评奖中，我们共荣获国家图书奖6种、提名奖5种；中国图书奖一等奖7种、全国优秀科技图书奖一等奖30多种；中华优秀出版物奖1种。还有一系列图书获国家自然科学奖和科技进步奖等。
本中心定位是要成为国内权威性科研成果资料的发布中心和国外优秀科技成果资料的引进中心，以市场化的手段实现科研成果的归纳整理、传播转移，为基础性、战略性、前瞻性科学研究和高技术产业化服务，为科技成果国际交流服务，为培养人才服务。
在“十一五”期间，我们将以体制机制创新为契机，深化改革，全面落实科学发展观，坚持以质量效益为中心，进一步加强队伍建设，提高产品质量，推动各业务板块持续协调健康发展，努力实现从数量规模向质量效益转变，为长远战略目标的实现打下坚实的基础。
没有一流的作者，就没有一流的图书。在我们产品的背后，是一个庞大的科技工作者和作译者队伍。这里面有众多曾为国家科技发展立下汗马功劳的资深学者、院士，更不乏正活跃在科研一线的青年科学家。据不完全统计，有近一半的中国科学院院士和中国工程院院士曾在我社出版过专著和基础理论图书。
