南京市中医院创建于1956年7月，是一所集医、教、研功能于一体的综合性中医医院。医院定编床位410张，年门诊量40余万人次，年收治病人4700余人次。医院1995年被评定为三级甲等医院，1996年成为南京中医药大学第三附属医院。
医院有卫技人员590名，其中高级职称81名，有国家人事部、卫生部和中医药管理局评定的全国500名老中医药专家4名，江苏省名中医6名，名中西医结合专家4名，南京市名中医14名，名中西医结合专家3名。117人被聘为正、副教授及讲师。
医院科室设置齐全，设有19个临床科室和12个医技科室，配备有全身CT、脑血管彩色多普勒超声诊断仪、心脏彩超、全自动生化分析仪、电子及纤维结肠镜、血
透机、准分子激光仪、超声乳化仪、Q开关激光治疗仪等现代化医疗设备，总值达3400多万元。
医院现有重点专科5个。肛肠科为首家挂牌的全国中医肛肠专科医疗中心，有病床120张，并设有“便秘研究中心”和“肛肠动力实验室”，该科学科带头人丁义江教授为全国中医肛肠学会会长，肛肠科在中西医结合诊治高位复杂性肛瘘、环状混合痔和出口梗阻性便秘等肛肠疑难病症及专科诊疗手段与技术方面居全国领先水平。骨伤科、针灸科为江苏省重点中医专科建设单位，脑血管科、妇科为南京市重点中医专科建设单位。
骨伤科脊柱疾病、髋关节疾病、四肢长骨干骨折的系列诊治已成体系，其中髋关节疾病的中西医结合诊治水平达国内先进，并已形成具有专科特色，疗效突出的专药优势。针灸科一直承担门诊、病房、国际针灸培训中心的临床医教研任务，其中针灸治疗头痛、中风、中耳炎、肩周炎、急性扭伤、急 性疼痛、面瘫等疗效突出，针刺治疗肘内、外翻畸形居国内领先水平。脑血管病中心集门诊、急诊、病房、实验室的技术优势为一体，拥有诊治“中风”的先进设备和人才技术优势，中西医结合配合针灸治疗脑血管病的痊愈显效率可居全国领先水平。妇科疾病的中西医结合诊治加手术使妇科体现了较好的综合实力和专科特色，其中功血饮治疗肝肾阴虚型功血的研究成果达国内领先水平，护胎饮治疗先兆流产 达省内领先水平。医院的眼科中心拥有现代化专科设备900万元，能采用准分子激光、玻璃体切割、超声乳化及中医药等诊治各类眼科疾病。皮肤美容中心拥有600万元的先进专科设备，开展激光、整形、护肤等多项医疗美容项目。目前全院开设的专病门诊已达60个。
医院重视“科教兴院”，多年来承担南京中医药大学教学及临床实习带教工作，国际针灸培训中心已为30多个国家和地区培训针灸医师320余名。近年来获市级以上成果奖24项，其中部级二等奖1项，三等奖2项。