山崎合战
本能寺事变后，秀吉立刻与正面敌人毛利家讲和，从备后彻夜赶回姬路城。休养二日后，六月九日，以浅野长政为先锋，开始向京都进军，十一日赶到摄津尼崎时，留守有冈城的信长部将池田恒兴、崛秀政、高山重友、中川清秀等加入秀吉军，使秀吉军的总兵力达到四万余。十二日夜，大军在摄津富田扎营，秀吉登上大坂城，会见了织田信孝与丹羽长秀，然后合兵一处向京都进军。
另一方明智光秀在成功谋反后，马上派出使者将此事告知毛利氏等织田家的敌对大名。不料，派往毛利家的使者在出发后的第二天就被秀吉抓了。在得知主公死讯之后，秀吉急招安国寺惠琼谈判，放弃中国领土割让，只要求清水宗治切腹，和毛利氏达成和睦。6月4日巳刻（上午10时），高松城主清水宗治切腹。6月6日夕刻，秀吉引军离开高松城，于次日夜间回到姬路城。秀吉将城内的所有钱财军粮全部发给配下的士兵，准备决战。6月9日晨，羽柴秀吉将姬路城交给浅野长政·小出秀政守备，亲率10000余大军出阵。半夜，羽柴军通过摄津兵库。11日午前，到达尼崎。
与此同时，明智光秀被朝廷封了征夷大将军。引军攻下了佐和山和长浜，成功压制了京都和近江地方。为了防备柴田胜家，光秀将明智秀满留在安土城负责守备。又派使者联络其与力大名大和郡山城主筒井顺庆、近江日野城主蒲生贤秀、丹后宫津城主细川藤孝、忠兴（光秀的女婿）一同出兵。9日，出兵下鸟羽。10日，出阵河内。在得知秀吉大军正赶来后，光秀匆忙撤军。12日，羽柴军到达摄津富田。伊丹城主池田恒兴、茨木城主高山重友、高槻城主中川清秀以及在堺屯兵的神户信孝、丹羽长秀率军和秀吉汇合，进行军议。（羽柴军总兵力达到35000人，相对的明智军只有16000人。）决定由信长的三子神户信孝为名义上的总大将，于天王山麓的山崎布阵迎击明智光秀。
左翼（山の手）羽柴秀长、黑田孝高
中央（街道筋）高山重友、中川清秀、堀秀政
右翼（川の手）池田恒兴、加藤光泰、木村隼人、中村一氏
予备队秀吉丹羽长秀、神户信孝
12日夜，两军在山崎北部对峙。13日4时，明智军山の手先锋并河、松田队与天王山麓中的中川队交锋，战斗开始。中央的高山队受到明智军斋藤、阿闭队的猛攻，高山队被逼入穷境。幸得中川、堀队从左翼、池田队从右翼夹击，逼退斋藤、阿闭队。此时，羽柴秀长队击破明智军山の手并河队。明智军予备队伊势、藤田队从右翼，津田、村上队从左翼夹击羽柴军。两军一直处于一进一退的攻防状态。
战斗的中心是围绕着抢占战场上的高地，两军的军旗在山麓上相互纠缠，战况相当激烈。然而，随着秀吉的后备部队不断加入战斗，两军的战斗力开始发生变化。午后7时，明智军崩溃，光秀下令撤退。自己引败兵700余人逃入胜龙寺城。然后秀吉采纳了军师黑田官兵卫的进言，闪开北面城门，全力攻打其它三面。士气涣散的城内士兵纷纷从北面开城逃去，连光秀也无法阻止。为了谋图东山再起，光秀和少数近臣离开胜龙寺城，逃往坂本城。在京都山科小栗栖遭到土民袭击，光秀被竹枪刺伤。光秀下马，由沟尾庄兵卫为介错，自杀。家臣进士作左卫门、比田带刀殉死。当地的农民发现这三具尸体；两具可以辨别身份，另一具无头，身穿有桔梗纹的华丽铠甲。后又在附近的土里发现光秀的首级。这也就是日本成语三日天下的由来从发动“本能寺之变”打败织田信长取得政权到山崎战败明智光秀仅仅只掌握了十二日天下。后人以此喻掌权时间之短暂。
（也有说尸体其实是光秀的影武者荒木山城守行信，光秀并没有死。而后光秀的鬼魂化作大日和尚，在堺地一带支持秀吉，1598年丰臣秀吉去世后，大日和尚留下了一块标有“庆长三年某月某号”的牌位从堺地销声匿迹了，但是大家仍然坚信光秀并未死亡，而是化名并出仕德川家康，即“黑衣宰相”天海。可以说，在曾吕利新左卫门离开秀吉后，大日和尚的行踪就扑朔迷离了。）
天正10年（1582年）6月15日，秀吉验过光秀的首级。山崎合战结束。羽柴秀吉消灭了明智光秀，这个织田家最后一个可以和他一较高下的谋将，开始他的制霸天下之路。
