症状主要为害茎秆和叶鞘，苗期至结实期都可染病。幼苗发病，初在第一片叶与芽鞘之间有针尖大小的小黑点，以后扩展到叶鞘和叶片上，呈梭形褐边白斑并有虫粪状物。拔节期在叶鞘上形成褐色云斑，边缘明显，病斑上有灰黑色虫粪状物，叶鞘内有一层白色菌丝。有的茎秆内也充满菌丝。叶片下垂卷曲。抽穗后叶鞘内菌丝变为灰黑色，叶鞘表面有明显突出小黑点(子囊壳)，茎基部干枯或折倒，形成枯白穗，籽粒秕瘦。(图左)
病原Gibellina cerealis Pass.称禾谷绒座壳，属子囊菌亚门真菌。子座初埋生在寄主表皮下，成熟后外露。子囊壳椭圆形，埋生在子座内，大小300—430×140—270(μm)，长劲外露。子囊棒状，有短柄，大小118—139×13.9—16.7(μm)，内有子囊孢子8个。子囊孢子梭形，双胞，黄褐色，两端钝圆，大小27.9—34.9×6—10(μm)。
传播途径发病条件以土壤带菌为主，未腐熟粪肥也可传播。病原菌在土壤中存活3年以上，小麦在出苗后即可被侵染，植株间一般互不侵染。田间湿度大，地温10—15℃适宜秆枯病发生。小麦3叶期前容易染病，叶龄越大，抗病力越强。病害行程度主要决定于土壤带菌多少。
防治方法(1)选用抗(耐)病品种 如中苏68号、2711、敖德萨3号等，各地可因地制宜选用。(2)加强农业防治 麦收时集中清除田间所有病残体。重病田实行3年以上轮作。混有麦秸的粪肥要充分腐熟或加入酵素菌进行沤制。适期早播，土温降至侵染适温时小麦已超过3叶期，抗病力增强。(3)药剂防治 用50%拌种双或福美双400g拌麦种100kg、或40%多菌灵可湿粉100g加水3kg拌麦种50kg、50%甲基硫菌灵可湿粉按种子量0.2%拌种。
