1915年6月7日，中、俄、蒙三方在恰克图共同签订《中俄蒙协约》。这是自1914年9月8日中、俄、蒙三方恰克图会议以来的最终结果。
《中俄声明文件》签订后，根据文件的规定，中、俄、蒙三方于1914年9月8日起在恰克图会议，解决各项未决问题。中国代表为专使毕桂芳、驻墨西哥公使陈录，俄国代表为驻外蒙总领事密勒，外蒙代表为喇嘛达锡札布。三方各自提出了条约草案，其争执的要点在于铁路、邮政、税则、司法诉讼等具体问题。6月7日，三方终于达成协议。
《恰克图协约》商定：外蒙承认中俄声明文件及另件，承认中国的宗主权；中俄承认外蒙自治，不在外蒙驻军及办理殖民；外蒙仍为中国领土的一部分，博克多哲布尊丹巴呼图克图汗名号受中华民国大总统册封，外蒙公文使用民国年历，兼用蒙古干支纪年；外蒙有权办理一切内政及与各国订立工商条约，但无权订立政治与土地关系的国际条约；中国商民运货入外蒙不纳关税，但须按当地规定交纳各项货捐；中蒙、中俄人民间发生诉讼，由中蒙、中俄双方会同审理；《俄蒙通商章程》继续有效。
协约在形式上取消了外蒙的“独立”，代之以“自治”，但外蒙仍有权与外国缔结有关工商条约，俄蒙商约依然有效。《协约》签定当天，袁世凯宣布册封哲布尊丹巴呼图克图汗，所有外蒙王公喇嘛的爵职名号一仍其旧，赦免所有参加库伦独立之人。
9日，库伦活佛致电北京政府取消“独立”及国号年号，北京政府于库伦设办事大员公署，任命都护使，于恰克图、科布多、乌里雅苏台设佐理专员公署，任命佐理员。中国对外蒙恢复了名义上的治权，喧嚣一时的外蒙问题至此暂时告一段落。
