据初步调查,四川甘孜金汤孔玉自然保护区内的种子植物共381种,分属201属、68科.其中科可划为12个分布型或变型,属可划为23个分布型或变型。对科、属的区系分析结果表明,泛热带和温带性质的科占74.07%,热带性质的属占总属数的32.59%,北温带分布型的属占总属数34.25%,其他温带性质的属占总属数的15.47%;本地区与东亚-北美间断、东亚和墨西哥间断、地中海区、西亚-中亚、中亚-喜马拉雅、东亚、中国-喜马拉雅、中国-日本等分布区联系紧密.保护区有5种地域性特有种.区系特点是以温带性质为主、兼有热带性质,并具有起源的古老性、成分的复杂性、地理联系的广泛性。