古泗州城始建于1500年前。当年，隋文帝开凿洛渠，由洛阳帝宫西苑至洛口入黄河，自板渚引黄河水，经开封、商丘、灵璧、夏丘至临淮（今盱眙县城淮河对岸）入淮。唐开元年间，徙泗州府于临淮县。这里溯淮而上，可通濠梁、颖寿，顺淮而下，可抵淮阴、山阳（今淮安），经运河可直达长江，沿汴河西行，可抵开封、洛阳，是重要的交通枢纽和漕运中心，商贾云集，辎铢喧闹，是座曾经辉煌了900多年的古代港口城市。
古泗州城呈椭圆形，长1.9公里，宽1公里，面积约2.5平方公里，共5个城门，每个城门外都有扇形的瓮城，因此形状酷似少了一只腿的乌龟。古泗州城原是汴河漕运中心，后被黄河夺汴入淮洪水淹没，于清康熙十九年（公元1680年）被洪水淹没于洪泽湖底，现有1/10淹没在淮河水中，其绝大部分与盱眙县城第一山隔淮河相望。
古泗州城随后失踪320余年。古城的绝大部分遗址，专家估计沉埋在旗杆滩和城根滩的田园下。当地民间一直有“水母娘娘沉泗州”的传说。
古泗州城淹没后，原泗州府迁址至现安徽省泗县，所以一直以来，泗县又称泗州。当地的地方戏曲被称为“泗州戏”。
泗州城不是被突如其来的洪水冲垮，而是日积月累的洪水淹没，因此泗州城下的建筑根基、街道布局都保存完好。南京博物院考古研究所张敏所长说，这是全国惟一一个灾难性古城遗址，它原汁原味地保存下了三百年前的城市状况。盱眙计划将投入超过10亿元人民币开发古泗州城旅游资源。古泗州城遗址经过开发，可以成为中国的“庞贝古城”。
