土木工程系是学院创建最早的系。拥有结构工程专业，工程力学专业2个硕士点，面向全国招收硕士研究生;设有本科土木工程专业、勘察技术与工程专业、安全工程专业、测绘工程专业，专科房屋建筑工程专业、工程监理专业。
土木工程系现有教师78人，其中教授14人、副教授27人，正高级工程师2人。60%的教师具有博士、硕士以上学位，师资力量雄厚。近五年来，土木工程系先后获得省科技进步一等奖1项、二等奖4项、三等奖1项，省级自然科学二等奖1项，省教育厅科学进步三等奖3项，省级教学成果一等奖1项、二等奖5项，院级教学成果二等奖5项，3门省级精品课程．先后获得部级教学研究立项2项、省级教学研究立项10项、院级教学研究立项10项。目前独立承担国家科技部科研项目2项，安徽省自然科学基金4项，省教育厅自然科学基金12项，院科研项目8项。重大横向科研课题10多项。
土木工程系现设有结构、施工、地基、路桥、工程力学等五个教研室和土木工程研究中心。土木工程系结构力学是院级优质课，并被评为安徽省省级重点课程。现设有土工实验室、测量实验室，结构实验室、防火防灾实验室、地下结构实验室、冻土实验室和冲击动力学实验室等。各实验室在满足实验教学的同时，为教师提供良好的科研条件。土木工程系的实践性教学环节可在校内与校外实习基地进行，目前校外实习基地主要有安徽省建筑科学研究院、合肥建筑集团、安徽省第一建筑公司、安徽省第三建筑公司、巢湖工程地质实习基地等五处。本系资料室藏有本专业图书约5000册；长期订阅本专业国内外期刊50余种；还拥有国内外著名的电子文献数据库。
发展是兴系强系的第一要务。本系将坚持贯彻学院“以教学质量立校，科研实力强校”的理念，团结带领全系师生员工，全面贯彻“三个代表”的重要思想，深化改革，加快发展，努力把土木工程系办成有影响的特色系。
