即核糖体DNA。rDNA 就是可以转录产生rRNA的基因，rDNA的活性改变在核仁周期（也就是细胞分裂过程中核仁的消失与重建）中发挥着重要作用。它不是单独存在的，有时候它可以和别的基因间隔分布，比如可以和tDNA间隔。rDNA是编码核糖体RNA的基因,其测定序列常用来鉴定物种同源性，和鉴别物种可以通过PCR技术和荧光染色技术结合准确定位基因位置。核糖体被誉为“细胞的蛋白质工厂”，rDNA所编码的蛋白质就是核糖体蛋白。在普通的细胞中，存在着超过100个rDNA重复序列，而且它们相当不稳定。这些重复序列彼此之间很容易发生重组，而在人体内，这种重组则会导致多种疾病(例如，癌症和亨廷顿舞蹈症)。
核糖体内不存在DNA，rDNA是指核DNA中编码核糖体蛋白的DNA序列。只是长链DNA序列中的一段。不存在一条DNA序列只编码核糖体蛋白。所以rDNA不会单独存在。
根据细菌的16S rDNA 3'端和23S rDNA 5'端的高度保守区设计引物,PCR扩增了2株创伤弧菌(Vibrio vulnificus)的16S-23S rDNA间区(Intergenic spacer,IGS),克隆到pGEM-T载体上,测序.用BLAST和DNAstar软件对16S-23SrDNA间区序列及其内的tRNA基因进行比较分析.结果表明,2株创伤弧菌共测出9条16S-23S rDNA间区序列,其中ZSU006测出5条,间区类型分别为:IGSGLAV、IGSGLV、IGSIA、IGSA和IGSG.其中IGSGLAV最大,包含tRNAGlu、tRNALys、tRNAAla和tRNAVal基因;IGSGLV包含tRNAGlu、tRNALys和tRNAVal基因;IGSIn,则包含tRNAIle和tRNAAla基因;IGSG仅包含tRNAGlu基因;而IGSA仅包含tRNAAla基因.菌株CG021测出的16S-23S rDNAIGS序列有4条,除缺少IGSA外,其余的IGS类型均与ZSU006的相同.与GenBank内的创伤弧菌ATCC27562的IGS序列比较,发现创伤弧菌所有类型的IGS的tRNA基因两端的非编码区具有较高的种内同源性.16S-23S rDNA间区结构的差异为建立一种新的创伤弧菌检测方法奠定了基础.
采用CPD（PI和DAPI组合）染色对番茄减数分裂粗线期和有丝分裂中期染色体进行了显带分析，随后用两种不同的45S rDNA 克隆在相同的分裂相进行了荧光原位杂交定位分析。CPD 染色在8条粗线期染色体上显示出了10条红色的CPD 带纹，在6对有丝分裂中期染色体上显示出了12条CPD带纹。有丝分裂中期染色体上的CPD带纹与粗线期染色体上显要的带纹具有对应性。用改良的CPD染色程序清晰而稳定地显示出的这些特征性的CPD带纹，为番茄的染色体，特别是有丝分裂中期染色体提供了新的识别标记。用番茄的一个45S rDNA 克隆进行的荧光原位杂交，不仅在位于2号染色体短臂的随体上显示了强的杂交信号，而且在粗线期染色体的5个CPD带区或有丝分裂中期染色体的4对CPD带区显示了弱的杂交信号。然而，用来自小麦的45S rDNA 克隆 pTa71进行的原位杂交却只在随体上显示了杂交信号。鉴于所用的两个45S rDNA 克隆在序列上的差异，推断在番茄基因组中只有随体含有45S rDNA 单位的编码区，即番茄只有一对45S rDNA位点。
