明初出现的《回回药方》是唐中叶西方伊斯兰医药传入中国后中国人编撰的一部伊斯兰医药百科全书。《回回药方》（以下简称《药方》）是中国大型综合性回回医药学典籍（作者不详），原有36卷，少数残存本现可见于北京图书馆。该书多以汉语书写，同时夹杂许多阿拉伯语与波斯语医药术语及汉语音译。仅以少数残存本目录就可以看出，《药方》是一部包括内科、外科、妇科、儿科、骨伤和皮肤病等科、内容丰富、具有中西合璧特色的医学典籍；研究中国医药史的学者根据残存部分推断，《药方》约有药方6000～7000首之多，其价值与中医古籍《外台秘要》相当。
据历史记载，早在北宋沈括的《梦溪笔谈》及南宋彭大雅的《黑鞑事略》等文献中就有所记载，但当时所称“回回”是泛指信仰伊斯兰的人，没有分门别类的专指哪一部分人而言；而在元代文献俞希鲁的《至顺镇江志》的户口簿中，对“回回”的称谓便有了明显区分的记载：“蒙古二十九户、维吾尔一十四户、回回五十九户、也里可温二十三户。”因此，元代所提到的“回回”，或可说便是今天回族的先民了，又因为当时主要指的是中亚、西亚迁到玉门关以东的信仰伊斯兰的各族人所以才有了长期以来流传在回族中所谓“西域回回”、“西域古教”的说法；但是在明清两代，却又有回回、维吾尔混淆，族、教不分的情况，把我国信仰伊斯兰的各民族统称为“回回”的情形，总之回回各族的分野是要到近代才慢慢清晰起来。所以说回回药典被视为是西北许多民族的共通产物，并不为过。
从现存残卷所载方剂看，全书所载可能达6000～7000首之多。在伊斯兰药典当中，对于回回药方成书影响最大者应该是中世纪穆斯林医学家伊本‧西那(阿维森纳)的《医典》，医典当中有很多方剂在《回回药方》当中都可以找得到。并且这两本书无论在体裁上、风格上也有许多相同之处，《医典》的33章加上生药集志一部、制药法一部、经验方一部，共有36章、部。在章、部的数目字上恰与回回药方的36门相一致。《医典》是在中世纪普遍被欧洲医药界奉为圭臬的用药参考书，它也是伊斯兰世界对西方医学影响十分巨大的著作，因此可说医典是伊斯兰医学传扬欧洲的代表作，而回回药方则是伊斯兰医药传入中国的代表作。然而《医典》至今传世的篇章仍颇为完整，但是《药方》却因为后来中国的战乱而亡佚了大半，这是十分可惜的事情。另一方面波斯人拉齐的医方书也影响了《药方》的成书。《回回药方》其系统性、综合性不亚于中医古籍《外台秘要》(艺文志载：外台秘要四十卷，又外台要略十卷；今要略久佚，惟秘要尚传。徐春甫谓：「焘﹝王焘，本书作者，唐﹞在台阁二十年，久知洪文馆，得古书方数千百卷，因述病症附以方药、符禁、灼艾之法、凡一千一百四门。天宝中(七四二至七五五)出守大宁，故以外台名其书。」是中国早期记载西域外来用药的书籍)。
《药方》以叙方为主，方论结合，回回药物与传统中药并用。据统计《药方》残卷常用药259种，明显属于海药并注明中文名称者有61种；沿用阿拉伯药名，目前尚不知何药者52种，合计海药为113种，占残卷全部用药的43.6%。其他146种则为传统中药，其中也包括已经华化的海药在内。从《药方》中所载方剂来看，无明显君、臣、佐、使之配伍。据研究，《药方》不仅与阿拉伯医学有根深的渊源关系，而且突出特色，东西合璧。在药物剂型的运用方面，既有中国式的丸、散、膏、汤，又保存有阿拉伯式的芳香挥发药、滴鼻剂、露酒剂、油剂，糖浆剂；有些医方的临床应用如菖蒲煎剂治疗中风等，借鉴了中国传统医学经验并和回回医药相结合。《药方》有它自己独特的思想体系，反映了成书时代西域医者对疾病认识在理论上已较成熟，这种理论既保存有阿拉伯医学的特征，也有中国传统医学的成份。我们在现今维吾尔族与回族等西北民族传统用药中不难发现与回回药方相辉映的影子。该书也是古代西域民族的医疗总结。古代汉医与维吾尔医等西域医者其实一直有着密切交流的。例如：汉医的"脉学"在传往阿拉伯时，首先被回纥医生吸纳，至今维吾尔医生都沿用查脉、望诊、问诊的方式来治病。经过实践，他们认真总结积累起本民族自有的独特医药学体系。患者的诊病常以内服药为主，按方抓药。还有熏疗、坐药、放血、热敷、冷水疗、温泉浴、拔火罐、及有名的吐鲁番"理沙疗"。孙思邈的《千金要方》卷15以及王焘的《外台秘要》卷14，都载有"西州续命汤"药方，西州即今吐鲁番地区的高昌古城一带。孙思邈的"小续命汤"就是根根据"西州续命汤"加减而来的，二者在方药和主治疾病上基本相同。西域出产的很多动物药物和矿物药，在古代已名扬四方。当地民族用牛、羊、马、驼、鹿、黄羊、麝香动物的筋骨、血、内脏，或以单方或配成验方，治疗各种疾病；还懂得将硫黄、砂、明矾、阿魏、雄黄、石腊、石膏、白玉等矿物入药。
而《药方》又可视为这种交流的总结之一。
《药方》内容之广，涉及临床多科，同时在治疗方法上也较丰富，对有些疾病则采用内外并治。当然《药方》的治法中除了阿拉伯医学的治方经验外，其中也不乏传统中医的治疗方法以及民间验方。值得一提的是许多方法特别是一些外治法及其对骨伤科的论治具备了时代的先进性。如《药方》中对头部外伤的诊断，是根据组织损伤程度划分的，并分别使用不同的方法治疗。对外伤肿胀不退，且并发全身症状者，主张作"十字"切开，排脓引流。对颅骨下脓肿，采用钻孔锯开的开颅方法等，在今天看来尚且合理。
《药方》"折伤门"、"针灸门"之论述较全面。"折伤门"基本上包括了古今骨科的内容，包括了软组织损伤、骨伤及关节脱臼，并从理论上阐述了这些损伤的原因、发生机制、诊断和治疗方法，对一些合并症也作了相应的介绍。从而反映了14世纪时期中国西域骨伤科诊疗水平发展成就。在今天看来，"折伤门"中许多内容仍有临床实用价值。"针灸门"实为专论灸而罕论针，所论灸法有三种情况，即艾灸、药灸、烙灸，以烙灸法所占篇幅最长，尤为详述，其方法为阿拉伯医学的烧烙法。在书中烙灸法的适应症被分为16等，涉及范围很广，包括了内科、外科、眼科、伤科、皮肤等多种疾病，其病因多与体内恶液有关，具体方法是采用多种器械、烧烙皮肤，令其破损、溃烂、流脓，而不能早用生肌收口之药。必须令其脓外流，则体内之恶液因之排出，然后施用生肌收口的药，使之平复。《药方》中灸法虽然以烙灸为主体，也确实带有明显的阿拉伯医学特色，但中医特有的艾灸法在书中出现及烙灸法中出现针灸穴位，这说明《药方》的灸法体现了与中医共同的医学特色。
