水稻是最重要的粮食作物之一，全世界一半以上的人口以水稻为主食。“民以食为天”、“贵五谷而贱金玉”，我国这些充满哲理的古老格言，可以作为说明水稻基因组计划意义的首选注解。1997年9月，水稻基因组测序国际联盟在新加坡举行的植物分子学大会期间成立。1998年2月，中、日、美、英、韩五国代表制定了“国际水稻基因组测序计划”，预计到2008年完成目标。这是继“人类基因组计划”后的又一重大国际合作的基因组研究项目。
为充分开发利用超级杂交稻这一宝贵的国家资源，继续保持我国在杂交水稻育种领域的国际领先地位，由中国科学院基因组信息学中心暨北京华大基因研究中心发起，中科院遗传与发育研究所和国家杂交水稻工程技术研究中心合作参加的“中国超级杂交水稻基因组计划”于2000年5月11日正式启动，宣布将用“霰弹法”测定籼稻基因组序列。中国科学家成功研制出霰弹法基因组组装的计算机软件体系，加上中科院计算所国家智能计算机研究开发中心研制的“曙光3000”和国家并行计算机工程技术研究中心研制的“神威”这两种高性能的国产计算机，共同为我国水稻基因组的测序工作迅速完成奠定了强有力的基础。
2002年4月5日，美国著名的《科学》杂志封面上出现了秀美的云南红河哈尼梯田，以14页的篇幅发表了中国科学家《水稻（籼稻）基因组的工作框架序列图》一文。同年11月21日，英国著名的《自然》杂志的封面上又出现了沉甸甸的水稻稻穗，以“水稻基因染色体一号和四号冲破了终点线”为封面要目，同时发表了中国科学家完成的第四号染色体精确测序和日本科学家完成的第一号染色体精确测序的论文。《自然》杂志审稿人认为 这两篇论文“是紧接着水稻基因组草图完成后水稻基因组测序项目里程碑性的事件”。
我国科学家完成的水稻基因组“精细图”，覆盖了染色体全长序列的98％，共鉴定了4658个基因，并注释在染色体的准确位置上，覆盖基因组94％染色体定位序列的单碱基准确性达到了99.99％，达到国际公认的基因精细图标准。它不仅将为全球从事水稻和植物生物学研究的科学家提供急需的数据，为功能基因组学和蛋白质组学的研究奠定坚实基础，而且将为全面阐明水稻的生长、发育、抗病、抗逆和高产规律，推动遗传育种研究产生重大影响。
2002年12月12日，中国科学院、国家科技部、国家发展计划委员会和国家自然基金会联合举行新闻发布会，宣布中国水稻（籼稻）基因组“精细图”已经完成。
日本的水稻基因组研究计划从1991年10月1日正式开始实施。该计划由日本农业生物资本资源研究所和日本农林水产先进技术产业振兴中心负责整体规划,日本农林水产省和日本社团协会提供科研经费,将花费7年时间完成第一阶段的研究任务。 该计划的目的是通过对水稻基因组的研究不断搞清水稻基因组的结构和功能,帮助人们进一步了解植物的生命现象,分离有用的水稻基因
