1981年，国务院批准开通西安至香港航线，设立西安航空口岸，同时批准设立西安海关。1984年5月1日，西安海关正式开关。关区范围最初为陕甘宁青四省区，1989年9月调整为陕西省。
西安海关是一个内陆海关，诞生于改革开放，又服务于改革开放，并在改革开放中不断发展壮大。建关22年来，随着陕西地区对外开放的不断扩大，西安海关的业务量、工作量迅速增长，机构人员也不断扩充。目前，西安海关共设15个处（室）、局，2个隶属海关（西安咸阳机场海关、宝鸡海关）和1个缉私局，现有干部职工283名，其中大专以上文化程度占96.4%。
现任领导周凤琴西安海关党组书记、关长
女，1951年6月出生，汉族，黑龙江省双城人，中共党员，大学普通班，现任西安海关党组书记、关长，一级关务监督。1968年10月参加工作，先后在满洲里海关、呼和浩特海关、西安海关等单位工作，1988年3月起任处级以上领导职务。2006年2月任西安海关党组书记、关长。
主持西安海关全面工作，分管人事教育处。
张季平西安海关党组成员、副关长
男，1949年6月出生，汉族，山东省武城人，中共党员，大学普通班，现任西安海关党组成员、副关长，二级关务监督。1968年11月参加工作，先后在陕西红旗化工厂、陕西车辆厂、西安海关、石家庄海关等单位工作，1989年2月起任处级以上领导职务。2007年3月任西安海关党组成员、副关长。
主要分管：监管通关处、财务装备处、技术处、机场海关、机关服务中心及基建工作、数据分中心。
冯建鄂西安海关党组成员、副关长
男，1955年9月出生，汉族，湖北省枣阳人，中共党员，大学本科，现任西安海关党组成员、副关长，二级关务监督。1970年12月参加工作，先后在解放军7083部队、陕西钢铁研究所、西安海关、兰州海关等单位工作，1989年4月起任处级以上领导职务。2002年5月任西安海关党组成员、副关长。
主要分管：办公室、审单处、关税处、综合统计处、现场业务处、宝鸡海关、驻邮局办事处并联系学会工作。
戚平汉西安海关党组成员、副关长兼西安海关缉私局局长、缉私局党组书记
男，汉族，1951年10月出生，湖北省武汉市人，中共党员，大学普通班，现任西安海关党组成员、副关长兼西安海关缉私局局长、缉私局党组书记，三级警监。1968年11月参加工作，先后在甘肃嘉峪关市公安局、甘肃省公安厅、兰州海关和西安海关等单位工作，1997年12月起任处以上领导职务。2008年1月任西安海关党组成员、副关长兼西安海关缉私局局长、缉私局党组书记。
主要分管：缉私局、稽查处、风险管理处。
刘苏静西安海关党组成员、党组纪检组长
男，1958年11月出生，汉族，陕西丹凤人，中共党员，中央党校函授本科，现任西安海关党组成员、党组纪检组长，三级关务监督。1982年8月参加工作，先后在乌鲁木齐海关隶属红其拉甫海关、喀什海关工作，1998年3月起任处级以上领导职务。2007年8月任西安海关党组纪检组长。
主要分管：政工办、监察审计室，协助周凤琴关长分管教育培训工作。