村上天皇之后，天皇的位子由他的两个儿子--冷泉天皇和圆融天皇的后代轮流继承。一条天皇之后是冷泉天皇的儿子继位，即三条天皇。他即位时已经36岁，凡事都有自己的主见，所以和把持朝政的藤原道长关系紧张。
三条天皇即位前已有数名妃子，其中的戎子已有6个子女。但是即位之后，迫于藤原道长的压力，又立藤原道长的女儿妍子为中宫。三条天皇不愿冷落戎子，便立其为皇后。但在册立皇后那天，在藤原道长的策划下，只有三人参加册立大典。
天皇家庭为了保持血统的纯正，都是近亲通婚，所以繁衍不盛，而且子女多有疾病。三条天皇不知是长期抑郁寡欢的原因，还是近亲结婚的结果，总之他患有严重的眼疾，近乎失明，连走路也成了困难。藤原道长为了让外孙接班，以眼疾为由急切地逼迫三条天皇退位。1016年，无可奈何之下，三条天皇以立戎子所生的敦明亲王为下一代太子为交换条件，离开了并不值得留恋的皇位，一年后去世。皇位由太子敦成亲王继承，是为后一条天皇。三条天皇死后，敦明亲王慑于藤原道长的威势，主动放弃太子地位。藤原道长为了遮人耳目，给了他一个“小一条院”的尊号。不过糊弄小孩子而已。