新疆医科大学坐落于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐市风景秀丽的鲤鱼山下，其前身新疆医学院始建于1954年，1956年建成招生，为前苏联援助我国“一.五”计划中156个重点项目之一。1998年经国家教育部批准由原新疆医学院与原新疆中医学院合并成立新疆医科大学，江泽民同志亲自为我校题写了校名。学校自成立以来始终受到党中央、国务院、自治区党委、人民政府和国内外同仁的关注。经过近50年的建设，学校现已发展成为一所以少数民族人才培养为特色的教学研究型综合性高等医学院校，陆续为社会培养了5万余名各级各类医学专门人才。
学校现设15所学院(含5所附属医院即5所临床医学院)，2部、5系。学校拥有医学、管理学和语言学三大学科门类，有1个七年制临床医学研究生教育专业、25个本科专业和专业方向、17个专科专业和专业方向；拥有博士后流动站3个、博士学位点4个、一级学科硕士学位授权点5个，二级学科硕士学位点48个；自治区重点学科5个、自治区重点实验室3个，自治区级研究所（室）10个。3所非隶属关系临床医学院，16所非隶属关系教学医院和40余所实习医院分布在全疆各地。同时我校是全国临床医学博士专业学位、临床医学硕士专业学位、公共卫生硕士专业学位（MPH）、口腔医学硕士专业学位授予权单位，全国在职人员申请硕士学位培养单位，高校教师在职攻读硕士学位培养单位，具有硕士生导师、博士生导师审批权和教师系列副教授、卫生系列主任医师专业技术职务评审权。
学校现有教职工6252人，其中专业技术人员4701人，具有高级专业技术职务人员947人。有50多名专家享受国家政府特殊津贴和获自治区有突出贡献优秀专家称号。具有在岗博士生导师38名、硕士生导师287名，在自治区各高校中，博导总数位居前列。目前学校共有各类在校生12396人, 其中博士研究生119人，硕士研究生1080人，七年制临床医学研究生教育专业学生434人，普通本科生4455人，专科生932人,留学生313人。在自治区各高校中，在校博士、硕士研究生总数居第二位。
自98年以来，我校科研工作一直保持良好的发展态势，承担自然科学研究项目233项，其中国家级项目39项，省部级项目100项，其中2005年获得国家自然科学基金项目16项，位居新疆各高校首位。有50余项科研成果获得各级奖励。学校通过与美、英、法、日、俄、哈萨克斯坦等十多个国家以及国内30余所大学或科研机构建立长期的合作关系，提高了我校在国内、国际上的知名度和扩大了我校在周边国家的影响力。学校占地131万平方米，建筑面积34.6万平方米，教学仪器设备总值5935万元。5所附属医院总床位数4662张，年门诊量达183万人次，年住院8万多人次，年手术量达到23，000台。今后我校的办学目标是：整体水平在同类医学院校中居于国内先进、西北一流，并在周边国家具有较大影响的医科大学。 新疆医科大学是1998年4月7日经国家教育部批准，1998年6月8日经新疆维吾尔自治区党委、人民政府宣布由原新疆医学院与新疆中医学院合并成立。同年9月10日，正式挂牌成立新疆医科大学。国家主席江泽民亲自为新疆医科大学题写了校名。现新疆医科大学设有八个学院（中医、基础、公卫、药学、临床、成教、高职、网络学院）两部、两系、五所附属医疗机构、一所附属卫校、两所附属护校和两所附属子校。现有1个本硕连读专业，16个本科专业和专业方向，28个专科专业和专业方向。拥有临床医学博士后流动站1个，博士学位点3个，设有6个自治区级研究所（中心），25个校级研究所（室），在全疆各地建有各类临床教学实习基地40余所，同时是全国《在职人员申请研究生学位》和《专业学位》授权单位，拥有硕士生导师、博士生导师审批权、教师系列副教授、卫生系列副主任医师评审权。
学校现有教职工5405人，专业技术人员4290人，其中少数民族专业技术人员1296人。现有各类在校生13100余人，其中博士、硕士研究生441人，外国留学生30余人，本科生4244人，专科（高职）学生2310人，各类成教学生4130人，护校中专生1946人。截止2000年底，学校已累计为社会培养了24600多名医药卫生人才。全校有40多名专家享受国家政府特殊津贴，13位同志获自治区有突出贡献的优秀专家称号。全校近三年来共发表论文580余篇，有18项科技成果获得省级以上各级奖励。目前同美、英、法、日、哈萨克斯坦等7国的大学或科研机构建立了合作关系。学校图书馆拥有馆舍5452平方米，藏书30余万册。五所附属医疗机构中，第一附属医院、第二附属医院、附属肿瘤医院、附属中医医院均为国家三级甲等医院，附属新疆中医研究所为自治区唯一的中医药科研机构。各附属医院总床位数3085张，年门诊量达115万人次，年住院4.6万多人次，是一所名副其实的多民族、多学科、多层次、多功能的综合性医科大学。到2005年左右，我校将建成全面适应社会发展需要，能够为新疆医疗卫生保健事业提供完备服务，学科门类齐全，专业层次结构合理，中西医并重，融自治区医学教育中心、医疗保健中心、医学信息中心和继续医学教育中心为一体的综合性医科大学。为2015年将医科大学建成具有鲜明区域特色，在西北地区一流、在国内具有一席之地、在国际也具有较高学术地位和一定知名度的综合性医科大学奠定坚实基础。