1984年，在我国加快经济体制改革的形式下，吉首大学决定举办经管类专业，并交由原吉首大学少数民族干训部筹办。1986年，湖南少数民族干训部正式招收经济管理专修科学员，经管类成人函授教育也开始正式招生。1987年元月，吉首大学经济管理系挂牌成立，并于同年招收第一届全日制普通高等教育经济管理专科专业学生。从此，吉首大学商学院在普通高等教育中开始了自己的发展历程。在发展的过程中，学院还曾先后根据形式变化更名为民族经济系、经济系和经济与管理系。2002年12月21日撤系建院，定名为现在的吉首大学商学院。
现学院下设经济系、工商管理系、会计系和经济研究所、企业管理研究所、市场营销策划中心、西部开发研究中心、经济社会发展规划咨询中心等教学与科研单位，跨越三大学科门类即经济学、管理学、法学门类。学院设置了经济学、工商管理、会计学、市场营销等4个本科专业和中国少数民族经济、产业经济、企业管理3个硕士点。学院建设了手工会计模拟、电算会计电子商务模拟、综合管理等实验室，共120多台计算机设备，设有民族经济资料室，藏有万余册图书，以满足学院教学科研需要。学院现有“中国少数民族经济”省级重点学科，“企业管理”、“产业经济”校级重点学科；拥有“工商管理”省级重点专业和校级重点专业。学院有专任教师51人，其中教授副教授23人，讲师17人，博士和在读博士7人，硕士21人，学院有省级骨干教师9人、湖南省首届“121”人才工程第三层次1人、全国青年委员1人、省级优秀教师1人、湖南省学位委员会学科评议小组成员1人、湖南省社科基金评审专家2人。
学院本科专业方向面向28个省、市、自治区招生。现学院全日制普通本科教育在籍学生人数已达1500人，研究生人数居全校之首。
吉首大学商学院是与时俱进的产物。历任领导把发展作为第一要务，在学科和专业建设上开疆拓土，在教改科研上勇于创新，在学生工作中作风务实，全院上下形成了一支特别能吃苦、特别能奉献、特别能战斗的教学科研团队和管理团队，成绩斐然。学院先后获省优秀教学成果二等奖2项、省优秀教学成果三等奖2项，学校优秀教学成果一等奖3项、二等奖3项，省社科成果奖3项，获国家社科基金、国务院研究室、国家软科学、教育部、省自科基金等国家和省部级科研课题立项资助70多项，出版教材专著15部，发表科研论文500多篇。学院在学校历次教学、科研和成人教育工作评比中都被学校评为教学管理工作、科研工作、考研、成人教育管理工作先进单位或优秀单位。在学校组织的教学比武、多媒体教学比武、教案评比中成绩名列前茅。2006年6月我院党总支被学校党委授予优秀党总支称号。
吉首大学商学院的办学理念是以学生为中心，厚基础、宽口径、强能力、高素质、优个性，适应时代发展脉搏，培养职业经理人为宗旨。从建系开始就在学生中先后实施了素质教育工程。在全省组织的历次非计算机专业学生等级考试中，均以90%以上的过级率在全校排名第一，大学英语四级考试中过级率、学生考研录取率也一直位列各院系前列，在2004、2005年学校第28、29届校运会连续两次获得男子、女子和团体总分三个第一好成绩，受到学校表彰。学院还与企业合作，建立了学生参与社会实践的机制，给学生提供实践锻炼的机会。
