命名
水解酶是以「(底物)水解酶」这种格式来命名。但是，一般的名称却是「(底物)酶」，例如核酸酶就是一种水解酶分解核酸。
分类
水解酶在EC编号中分类为EC3，并以它分解的键再细分为几个子类：
EC3.1：酯键（酯酶）
EC3.2：糖（糖基酶）
EC3.3：醚键
EC3.4：肽键（肽酶）
EC3.5：C-N键，但不包括肽键
EC3.6：酸酐
EC3.7：C-C键
EC3.8：卤键
EC3.9：P-N键
EC3.10：S-N键
EC3.11：S-P键
EC3.12：S-S键
EC3.13：C-S键