1999年10月31日，埃及航空公司的990航班从纽约肯尼迪国际机场起飞，准备飞往埃及首都开罗。执行此次航班的客机是波音767-330型客机，机上共有199名乘客和15名机组人员。飞机起飞后不久便坠落在美国马萨诸塞州楠塔基特岛以东约100公里的大西洋上，机上217人全部丧生。在全部199名乘客中有129名美国人，62名埃及人，2名苏丹人，3名叙利亚人和1名智利人，另外两名乘客身份不详。
事故发生以后，举世皆惊，事故的起因就成了世人瞩目的焦点。埃及民航董事长穆罕默德-法希姆-拉杨在10月31日下午举行的记者招待会上介绍说，这架波音767飞机是1989年9月25日购买的，至今服役仅10年，飞行了33654小时，起落7556次，称得上是一架新飞机。事故发生后，美国海军打捞舰用两台大型机器人，从水深七八十米的海底飞机残骸中发现并打捞出了失事飞机的两个黑匣子。数据显示，990航班在坠毁前曾突然骤降并使乘客一度失重，它在坠海之前曾一度爬高，后来两个发动机突然停止运转，飞机便一头栽入大西洋中。据美国国家交通安全委员会公布，飞机最后3分钟的情况如下：1、正常飞行高度；2、自动驾驶系统关闭；3、飞机冲力减低，开始下降；4、飞机急速下降；5、降速超过0.86马赫；6、左右引擎相向运动；7、机械系统被关闭；8、飞机暂时找到平衡；9、飞机由上升改为下坠；10、飞机沉入大海，全程历时2分40秒。
根据黑匣子的分析结果，埃方认为，飞机坠毁的原因大致有三种可能性，一是飞机存在技术故障，二是机内有爆炸物，三是被导弹击落。埃方认为飞机技术故障最有可能是飞机坠毁的原因，《金字塔报》还发表消息说，美国航空机构已承认波音767飞机的升降控制系统可能存在严重技术问题，这有可能是造成埃航飞机坠毁的原因。但美方则认为，副驾驶有意自杀造成了这次空难。专家分析飞行记录仪後，怀疑肇事时有人关掉驾驶室内操纵两个引擎的开关掣，因而推测有人企图自杀。两年前，新加坡航空的子公司胜安航空在印尼坠机就怀疑是这种原因。当时该航空公司的一架波音737客机在由新加坡飞往印尼首都雅加达的途中坠毁，机上104人全部丧生，调查人员后来发现机师朱卫民“有个人问题”，显然是他蓄意令飞机坠毁。据美国国家运输安全委员会说，两个引擎均是在自动操作系统关闭约二十秒後突然被关闭，飞机随即俯冲到大西洋。
时至今日，谁都没有确切的证据证明事故的具体原因，但这一教训却是惨痛的，不论是由于飞机的机械故障还是由于人为的原因，都值得人们深思。
在这次事故中，有一位幸运儿逃过大难。此次航班先由洛杉矶飞到纽约，再在纽约起飞前往埃及。当飞机在纽约停留时，只有一名乘客下机，他便是埃航心理辅导员麦洛林。调查人员曾一度对他产生疑心，但对他进行问话後，排除了他与这宗空难有关的可能性。此外，还有一名埃及旅客阿巴扎，于5个星期前到纽约探望外孙，他原定乘坐990航班返回埃及，但女儿坚持要他多住一个星期，于是只好退了机票，岂料这一决定反而救了他一命
