鱼类一般分为无颌和有颌两大类﹐而在鱼类分类学上则还常将头索类的文昌鱼纲(Amphioxi)(见文昌鱼)作为鱼形动物归入鱼类的范畴内进行研究。
无颌类(Agnatha) 脊索呈圆柱状﹐终身存在﹐无上下颌。起源于内胚层的鳃呈囊状﹐故又名囊鳃类(Marsipobranchii)﹔脑发达﹐一般具10对脑神经﹔有成对的视觉器和听觉器。内耳具1或2个半规管。有心脏﹐血液红色﹔表皮由多层细胞组成。偶鳍发育不全(有的古生骨甲鱼类具胸鳍)。对无颌类的分类﹐有的将化石的和现生的无颌类全归入圆口纲﹔有的将其划分为甲胄鱼纲和圆口纲﹔也有的将它分为头甲鱼纲﹑七鳃鳗纲﹑鳍甲鱼纲及盲鳗纲﹔有的将其划分为单鼻孔的头甲鱼纲和双鼻孔的鳍甲鱼纲﹔也有的则划分为盲鳗纲﹑鳍甲鱼纲和头甲鱼纲等3个纲。
盲鳗纲(Myxini) 无外骨骼。具1个半规管。每侧10～15个鳃囊﹐有1咽皮管﹐鼻孔只1个﹐开口于头的前端﹐并有内鼻孔与口腔相通。脊神经背根和腹根相连。无化石记录。盲鳗是一群海生﹑营寄生生活的鱼类﹐全世界约有6属32种﹐太平洋﹑大西洋均有分布﹐在北大西洋为害渔业甚烈﹐中国产2属5种。
头甲鱼纲(Cephalaspides) 具2个半规管。许多种类的骨骼具真正的骨细胞。单一的鼻孔开口于两眼之间及顶器的前方。具6～15对鳃囊﹐鳃孔开口于头的侧面或腹面。成体的脊神经背根和腹根不相连。出现在中志留纪至上泥盆纪。
七鳃鳗纲(Petromyzones) 化石见于晚石炭纪。无外骨骼。具7对鳃囊﹐鼻孔1个﹐位于头的背面﹐不与口相通。脊神经背根和腹根不相连。淡水﹑海水均有分布﹐是营半寄生生活的种类。现存七鳃鳗约30馀种﹐中国产 3种﹐见于东北的淡水江河中。
鳍甲鱼纲(Pteraspides) 具2个半规管。骨骼无真正骨细胞﹐头部披有骨片。尾或为逆歪形尾。头侧有7个鳃囊﹐由1个鳃孔开口于外﹔鼻孔成对﹐与口腔不通。脊神经背根和腹根相连。分3个目﹐约40属﹐无现存种﹐全为古生鱼类。大多为中小型﹐大者可逾1米。奥陶纪的鳍甲鱼可能起源于海水﹐以後向咸淡水与淡水扩散分布﹐中国云南下泥盆纪的多鳃鱼(Polyzanchiaspis)即类似于这类鱼。
无颌类的化石最早出现在下寒武纪﹐到中奥陶纪已有较多的化石种类出现。对无颌类之间的系统关系﹐E.A.斯丹雪认为盲鳗是由鳍甲类及七鳃鳗由头甲类演化而来﹔但不少学者则认为盲鳗是最原始的无颌类﹐而七鳃鳗则与古生头甲类的关系较密切。
囊鳃类鱼，它的鳃上器变成一对管状长囊，自鳃孔往后穿过脊椎附近的肌肉到尾部，囊内壁有丰富的血管，囊中充满空气，因而能离水生活一段时间。
