零余额账户是指财政部门和预算单位在办理直接支付和授权支付业务时，先由代理银行根据支付令（即拨款凭证，下同），通过财政部门零余额账户或预算单位零余额账户将资金支付到供应商或收款人账户。支付的资金由代理银行在每天规定的时间内与人民银行通过国库单一账户进行清算，将当天支付的所有资金从人行国库划到上述各账户，当天轧账后，各账户的余额均为零。
怎样设置零余额账户?
省级一级预算单位及无主管部门的行政事业单位，须填写《银行账户审批表》报省财政厅（基层预算单位填写《银行账户审批表》，报主管部门，主管部门还须填写《财政授权支付银行开户情况汇总申请表》，连同基层预算单位的《银行账户审批表》一并报省财政厅）；《银行账户审批表》经省财政厅审批后报人民银行，人民银行按规定核发《开户许可证》，预算单位持《开户许可证》，在省财政厅确定的代理银行所属分支机构内，自主选择预算单位零余额账户的开户银行，办理零余额账户开户和印鉴预留手续。
预算单位在改革实施前已由财政拨付的资金，继续在原开设的银行账户中使用和核算；原账户中相关用途的财政资金使用完毕后，从新开设的预算单位零余额账户中按规定支用有关款项。
零余额账户的管理和使用：
1.财政部零余额账户。财政部零余额账户用于财政直接支付。该账户每日发生的支付，于当日营业终了前与国库单一账户清算；营业中单笔支付额5 000万（含5 000万）元人民币以上的，应及时与国库单一账户清算。财政部零余额账户在国库会计中使用。
2.预算单位零余额账户。预算单位零余额账户用于财政授权支出。该账户每日发生的支付，于当日营业终了前由代理银行在财政部批准的用款额度内与国库单一账户清算；营业中单笔支付额5 000万（含5 000万）元人民币以上的，应及时与国库单一账户清算。财政授权的转账业务一律通过预算单位零余额账户办理。预算单位零余额账户在行政单位会计和事业单位会计中使用。
预算单位零余额账户在行政事业单位会计中的账务处理：行政事业单位应设置“零余额账户用款额度”科目。收到“授权支付到账通知书”后，根据通知书所列数额，借记“零余额账户用款额度”科目，贷记“拨入经费”科目或“财政补助收入”科目。行政事业单位购买物品、服务等支用额度时，借记“经费支出”或“事业支出”、“材料”等科目，贷记“零余额账户用款额度”科目；属于购入固定资产的，同时，应借记“固定资产”科目，贷记“固定基金”科目。行政事业单位从零余额账户提取现金时，借记“现金”科目，贷记“零余额账户用款额度”科目。
年度终了，零余额用款额度必须清零。行政事业单位依据代理银行提供的对账单注销额度时，借记“财政应返还额度——财政授权支付”科目，贷记“零余额账户用款额度”科目；如果单位本年度财政授权支付预算指标数大于零余额账户用款额度下达数，根据两者的差额，借记“财政应返还额度——财政授权支付”科目，贷记“拨入经费”或“财政补助收入”科目。