内共生是关于真核生物细胞中的细胞器，线粒体和叶绿体起源的学说。根据这个学说，它们起源于内共生于真核生物细胞中的原核生物。这种理论认为线粒体起源于好氧性细菌（很可能是接近於立克次体的变形菌门细菌），而叶绿体源於内共生的光合自养原核生物蓝藻，而一些真核细胞的鞭毛来源于螺旋体。这个理论的证据非常完整，目前已经被广泛接受。
关于第2次内共生,是一个真核细胞能够吞没另外的真核细胞建立共生关系。
美国生物学家马古利斯（LynnMargulis）于1970年出版的《真核细胞的起源》一书中正式提出。她认为，好气细菌被变形虫状的原核生物吞噬后、经过长期共生能成为线粒体，蓝藻被吞噬后经过共生能变成叶绿体，螺旋体被吞噬后经过共生能变成原始鞭毛。