后晋天福二年(937年)，白蛮段思平联络滇东乌蛮三十七部灭杨氏，建大理国。其疆域基本同于南诏，行政区划分八府、四郡、四镇。鄯阐府为八府之一，府治仍在鄯阐城。辖有昆明、晋宁、嵩明、禄丰、易门、安宁、罗茨等县。“大理国仍以鄯阐为东京，在鄯阐设有东府(地址在明代的布政司，即今威远街菜市对面省人民银行)。北宋仁宗宝元三年(即康定元年，公元1040年)，在段素明任命布燮段子琼与三十七部会盟石城，平定求州首领代连弄之后，时和年丰，段素兴雅好游侠，广营宫室于东京……。”倪蜕称：“东京，即今省城。蒙段时，城亦甚小。圆通寺天王殿有段氏政德年碑云：寺在城之北二里。则其大小可知矣。政德在素兴之后，则其所营宫室，当在城外东北隅地。春登，今东门外里名，金汁河之所经。则春登堤，金汁河堤也。云津河，即盘龙江。则云津堤，乃盘龙江堤也。此二堤，捍御、蓄泄、灌溉，滋益大，有殊功。……金棱、银棱，犹云金堤、银堤。”
此时拓东城四面的滇池水滨已发展成为城的附属部分。宋徽宗政和元年(1111年)，滇东三十七部起事，高泰明平服，命子高明清镇氏鄯阐。宣和元年(1119年)三十七部再度起事，攻克鄯阐，杀高明清。拓东城受到严重毁坏，几乎夷为平地，成为“废城”。
高氏在鄯阐任职的第五代，于鄯阐重新筑土城，称新城，沿称鄯阐城。新筑的鄯阐城面积比拓东城大，越过盘龙江向西发展，城区约在盘龙江西岸，今文庙、长春路、东寺街一带。东临盘龙江，南靠玉带河，西界鸡鸣桥，北至五华山。“城际滇池，三面皆水，既险且坚。”既是全省政治中心，又是物资集散地。大理国官方及民间的商品，都经鄯阐城运往邕州横山(广西田东县)，与宋交易。运出的商品有战马(每年数以千计)、赤藤杖、鞍辔、云南刀、披毡、麝香、药材等。从宋输入的有汉文书籍、丝绸锦缎和各种精巧的工艺品。大理与宋频繁的经济、文化交往，大大促进了鄯阐城经济、文化交往，大大促进了鄯阐城文化的发展。
宋宝祐元年(元宪宗三年，1253年)秋，蒙古大元帅兀良合台率大军往攻大理。12月，大理城破，大理王段兴智逃到鄯阐，加强防卫力量，继续抵抗。鄯阐城之战是元军入滇以来最大的一次战役。开初，兀良合台挑骁勇之士强攻，不能下；继用大炮猛轰北门，继用火攻，仍无进展。兀良合台“大震鼓钲，进而作，作而止”。如是七日，城还是不克。此城如此坚固，原因即三面临水，一面靠山。
当时，南诏、大理对民间手工业和商业采取开放政策，如鄯阐城，已不仅是衙门官邸，而是工商业有了一定发展的城市。至其中期，与南宋进行经济、文化交往。据载，大理国经由黎州(汉源)、播州(遵义)、邕州(南宁)三条路线与内地交易，鄯阐为出口要冲，促进了工商业展。
