1988年6月开馆，1995年3月建成三层楼新馆，建筑面积986平方米，占地1400多平方米，馆内设有“文物室”、“闽台史前文化关系陈列室”、“陈洪甄书画室”、“东山建县八十周年建设成就回顾展“等展室。展出旧石器时代、新石器时代以及历代文物、图片、拓片等700多件。其中有东山人“化石”，万年前旧石器、各种动物(鹿、熊、象、犀牛、羊)化石，还有石器、铜器、陶瓷器、玉器、木雕、古今兵器、书画、民俗文物及一艘从台湾飘来的台湾高山族独木舟等。这些藏品反映了东山岛丰富和珍贵的文化遗产，证明了一万年前东山岛已有先民在此生息和繁衍，反映闽台两地人民交往的历史和密切关系，也反映了东山历代军民抵抗外侵，保家卫国的光辉业绩。
博物馆先后举办了“历代文物展”、“国防教育展”、“闽国陶俑展”、“闽台史前文化关系展”、“海峡两岸东山人书画展”、“东山改革开放十年回顾展”、“著名台湾画家陈洪甄书画展”、“中华人民共和国建国45周年成就展”、“建国45周年东山成就展”、“东山建县80周年建设成就回顾展”等40多个文物、艺术品展。
十多年来先后接待中外游客40多万人次，其中有港澳台同胞，有美、英、法、荷、泰、比利时、希腊、奥地利、日本、韩国、意大利、西班牙、澳大利亚、加拿大、孟加拉等21个国家友人。1995年12月被福建省委、省人民政府授予省级文明单位的称号。
