南少林寺遗址位于莆田荔城区西天尾镇九莲山林山村，距市区约17公里。
九莲山中有座林泉院，始建于南朝陈永定元年（557年），至北宋嘉佑年间（1056-1063），此寺已形成很盛的武风，成为我国东南沿海武术活动的中心。相传河南嵩山少林寺13武僧帮助唐太宗统一中国后，唐太宗赐于“僧兵”，并准许在全国各地建立十座分寺。据考，荔城区九莲山的林泉院，就是少林寺十座分寺中较早创建的分寺之一。因为规模宏大（占地约三万平方米），武风鼎盛，影响南中国，故称之为南少林寺。据考，该寺于清初被清兵焚毁。
1986年至1988年，原莆田县在文物普查中，发现了这座湮灭了几百年的寺院遗址，经过认真发掘，发现了5个刻有“僧兵”、“诸罗汉浴煎茶散”等文字的北宋石槽。史载，只有少林寺才能冠之以“僧兵”二字。据此，经国家文物局批准，1990年12月，福建省考古队对九莲山寺院遗址进行考古发掘，出土了“真觉大师 革隹 堤之塔、林泉院、天佑”唐代石刻和“长兴四年岁次癸巳正月”等字样的南唐陶质鸱尾等珍贵的历史文物。
1992年4月25日，南少林遗址论证会暨重建莆田九莲山南少林寺新闻发布会在北京人民大会堂举行。1998年12月8日，九莲山南少林寺重建工程竣工，开始向海内外开放。
为了更好发展莆田南少林，2007年莆田南少林寺恢复宗教活动。 1986年，莆田市在西天尾镇北部层峦叠嶂中的九莲山麓发现一处古建筑遗址，以及五口建造于北宋年间的大型花岗岩石槽残碑、石柱等，学者们从石槽长226厘米、宽100厘米，槽旁刻有“诸罗汉浴煎茶散”字样，判断这是僧兵治疗伤病用的石槽，又从残碑、石柱上的“林泉院”、“寺山界”字样，最引人注目的是那口重达数千斤的宋代石槽，槽上刻有“当院僧兵永其佳其合共造石槽一口”，推测此遗址可能是南少林寺遗址。
九莲山南少林寺海拔500多米，地形酷似河南的山间盆地，居九华山脉中段，地势十分险要，是理想的兵家用武之地。山间盆地小平原，耕植可以自给，大本营离各个隘口不过数里之遥；且坡度平缓，如有军情，到隘口凭险据守不过片刻功夫。从地理形势上看，林山实在是个易守难攻的藏龙卧虎之地。寺区周围有朱山、樟江、寨头等10多个山寨。目前各寨遗址均存。山头尾和梧桐山还有高三、四十米颇为壮观的山涧瀑布。少林寺遗址正处在九莲山盆地的中心，寺院的基地有两三万多平方米，十方丛林的气度可想而知。清初，南少林寺因在反清复明斗争中与天地会有着千丝万缕的联系，清王朝深为忌恨，遣兵焚毁，莆田南少林寺从此湮没于历史烟尘之中。 其实,林泉院于元未就已经被焚烧毕尽了.据黄仲昭(1345~1506)《八闽通志》记载：兴化府 莆田县....资福院北平院林泉院龙藏院灵鹫院中峰院宋天圣二年重建......通上几九十院俱废。所以，根本不存在清朝被焚之说。其次，院，本身就是较小的寺庙。元前，莆田的院，基本隶属于家族祠堂。明朝洪武年间，莆田的院，纷纷升级为寺，脱离家族管理，有据可查。所以，林泉院为少林的说法，是大错特错。
1992年4月25日，莆田市在北京人民大会堂举行新闻发布会，正式向外界宣布发现南少林寺遗址，中国佛教会理事、嵩山少林寺第29代方丈德禅大师出席新闻发布会，他根据先辈叮嘱，暂定了林泉院即南少林寺，并赠送了“南少林就在福建莆田九莲山下”的亲笔题词。现在，莆田南少林寺已初具规模，大雄宝殿、天王殿、钟鼓楼、山门以及赵扑初题额的“南少林”牌坊等，巍峨壮观，金碧辉煌。周围的古竹寺、霞梧院、九莲岩等大小寺院环绕着南少林寺，形成气势昂扬的寺院群落，重现了当年十方丛林的恢宏气度。唯一的遗憾是所有记载只是“林泉院”的痕迹，并无记载“少林寺”的字样，还是不能服众。
