巨野县档案馆现馆存档案103个全宗，20819卷（件）。其中建国前档案727件；建国后档案19236卷，1583件。馆存的各类资料有10980册。馆藏档案的种类主要有：革命历史档案，机关文书档案，死亡干部档案，照片、录音、录像、印模等专门档案，人口普查、土地房产等专业档案。
革命历史档案主要是1947年6月至1949年9月解放战争时期形成的文件材料，包括巨野、巨南两个全宗，主要内容为两县县委、政府关于武装斗争、组织整顿、发展生产、支援前线等工作的计划、总结、报告、统计等。该档案对于研究解放战争时期巨野、巨南两县的历史，具有重要的参考考证价值。
建国后的文书档案主要是1949年9月至1990年期间，国家、平原省、山东省、湖西专区、菏泽地区及本县党政领导机关和有关部门关于组织人事、宣传教育、纪检监察、基建财贸、劳动保障、工业交通、农林水利、政法、民政、计划生育等工作的决议、指示、规定、通知、通报、计划、总结、统计报表等方面的文件材料，基本反映了巨野县人民在党的领导下建设社会主义的全过程以及各机关职能活动的全貌。
巨野县档案馆馆存资料主要有马恩列斯经典著作、有关政治经济、政策法令、档案业务、史志等方面的图书资料，人民、大众、文汇、解放军报等四种报纸的缩印本、合订本，红旗、求是、半月谈、人大公报、国务院公报、中国档案、山东档案等20余种期刊。这些资料对提供档案信息，提高档案利用水平，起到了补充和辅助作用。
比较重要的馆存资料有：《巨野县志》、《巨野县志续编》、《小畜集》、《晁氏琴趣外篇》等。
■《巨野县志》，清道光二十年（1840年）本，16开竖排木刻线装，全书24卷，16册，保存基本完好。该书记载了上至春秋战国下至清朝道光年间的巨野历史，选材适当，文字精灵，对于研究巨野的历史沿革、风土人情、文化发展传承等，有着不可替代的作用。
■《巨野县志续编》，中华民国九年（1920年）本，16开竖排木刻线装，全书共8卷7册，为清道光本《巨野县志》的续书。该书较详细地记载了清道光二十一年至中华民国九年八十年间巨野县的历史状况，对于研究这一历史时期的巨野历史，具有重要价值。
■《小畜集》，原书形成于南宋绍兴六十七年（1147年），巨野县档案馆所存为清末民初上海涵芬楼借江南图书馆藏经堂钞本的影印本。作者王禹偁（954——1001），字元之，北宋济州巨野人，著名文学家，宋太平六国进士，后迁大理评事、右拾遗、左司、知制，以刚直敢言著称。王是北宋诗文革新的奠基者，反对宋初的浮靡文风，倡导写作平易朴素、抒情畅达的诗文。《小畜集》共30卷，分8册线装，辑录了王不同时期创作的诗、词、歌、赋、感怀及碑文等，包涵了王的大部分作品，从这里可以看出他的政治态度、基本思想及文学上的成就，对于研究其人和作品，都具有重要价值。
■《晁氏琴趣外篇》，1934年上海商务印书馆印刷发行，才录者为林大椿。作者晁补之（1053——1110年），字无咎，号归来子，北宋济州巨野人，著名文学家、词人。元丰二年中进士，后迁吏部员外郎、礼部郎中兼国史编修、实录检讨官等。晁补之才气飘逸，嗜学不倦，工诗、词、书、画、善属文，为“苏门四学士”之一。其文温润典缛，凌丽奇绝，出于天成；诗以古体为多，骨力道劲，有韩欧风格；其词追步东坡，气象雄峻，慷慨激越。他的主要著作有：《鸡肋集》70卷，《续楚辞》20卷，《辨离骚》20卷等，《晁氏琴趣外篇》为其词集，共收录词作159首。
