湖泊水文学是研究湖泊水文现象和湖水资源利用的水文学分支学科。
湖泊水文现象的研究始于古代的定性描述。中国清代《古今图书集成》和《行水金鉴》记载了中国许多湖泊湖水的来源及去路、泥沙、水位溅落、河湖调节关系和湖泊变迁过程等。
湖泊水文的定量研究，始于17世纪的水文观测。死海从1650年起，已有水位资料。19世纪盛行湖泊测深工作。1891年福雷尔完成了日内瓦湖的研究，出版了《日内瓦湖湖泊志》，系统地论述了该湖的地质，气候，湖水运动，化学、热学、光学、声学特点，湖泊成因和形态，为近代湖泊学确定了基本的研究领域。
1909年，威廷提出湖流流速与风速经验关系式；1910年前后，韦德伯恩致力于湖水温度观测，提出了温度振动流体动力学理论；1916年伯奇根据热量平衡原理开始计算湖泊热量收支和蓄热量。
20世纪20年代以后，由于建筑大型水库，推动了湖泊水文研究，广泛应用水量平衡、沙量平衡、盐量平衡能量平衡、热量平衡等原理和流体动力学理论，定量分析湖泊水资源；推算水库淤积年限；预估库水的矿化度；改进风浪要素的计算方法；研究湖水温度和确定湖冰厚度等问题。
20世纪50年代，电子计算机、同位素及遥感技术等的应用和精密测量仪器的研制，为湖泊水文研究提供了新的手段。60年代以后，国际水文十年把湖泊水文列入研究计划，开始了湖泊水文学研究的国际合作。中国自50年代起，在长江中下游和云南等地陆续开展了湖泊的综台调查。
在一定时段进出湖泊的水量不同，就会引起湖泊蓄水量的变化。入湖水量包括湖面降水，入湖的地面、地下径流。出湖水量则有湖面蒸发，出湖的地面、地下径流和工农业自湖泊的引水量。运用湖泊水量平衡方程可以确定湖泊蓄水量的变化，评价湖泊水资源，阐明湖泊对江河的调蓄能力。
湖水有进退运动和升降运动；湖水运动有的发生在湖面，有的在内部；有的有周期性，有的为非周期性。湖水运动除受外部因素影响外，还受湖水面积、深度、成层结构、密度分布等内部因素的制约。研究湖水运动可以解说湖岸演变、湖中泥沙运动、湖水物理性质变化和化学成分分布等规律，并为船船航行作出预报，为护岸工程设计提供资料。湖水运动的研究，以流体动力学为基础，同时采取野外观测与室内模型试验相结合的方法。
通过湖水热量平衡计算，可以确定湖泊蓄热量的变化。水温升降反映湖中蓄热量的增减。湖水温度随空间而异。较深湖泊的水温在垂向有分层现象。研究温度成层，可以解释湖水运动、化学成分、水生生物变化和分布的原因。
湖水光学现象主要探讨光线在湖面的反射，湖水对各种波长光线的吸收、散射和折散等光学特性。研究湖水光学特性，可以了解湖水中光线透射的深度和照度的大小，阐明浮游生物、水生高等植物等生长和分布规律。
湖水中有各种离子、生物营养元素、溶解气体、有机物质、微量元素和有毒物质等。湖水水质参数有矿化度、总硬度、总碱量、pH值等指标。湖水的化学成分的形成和变化特点与湖水流动滞缓、湖泊的大小深浅和气候条件等有关。应用盐量平衡原理可以确定湖泊内盐量变值，查明湖泊、水库矿化度的变化。湖水化学的研究为湖泊水质评价和湖水污染的防治提供依据。
应用沙量平衡原理，即根据时段内进出湖泊的沙量收支状况，可以确定某一时段湖泊淤积量，推算淤积厚度。研究泥沙淤积、化学沉积和生物沉积，可以预测沉积演变趋势和湖泊寿命。
在湖泊沉积研究中也应用遥感技术、同位素技术、孢子花粉和古地磁等方法，测定沉积物年代，推测历史气候变迁情况，预测沉积数量和位置。湖盆的形态、大小和深浅、湖水运动、湖泊沉积、湖中热量交换和湖水的化学特性等，因此，湖泊水文学也研究湖盆和湖泊的形态特征。
水库是人工湖泊，与天然湖泊既有共同之点也有一些特殊研究内容，如水库淤积、水库库岸演变、异重流防治和利用等问题。
湖泊水量平衡和水位变化的研究要运用气象学、水文地质学、水文计算的知识和方法流体力学、热力学和水化学等是研究湖水运动、湖水热动态和湖泊水质等水文物理现象和化学过程的基础。湖盆的研究则要借助地质学、地貌学的理论和方法。
现代湖泊水文学要加强水文混合与水文平衡基础理论研究，以阐明湖泊水文现象内部联系；提高水量平衡要素观测和计算精度；推广应用新技术；将湖泊作为系统，了解其中所有因素之间相互关系，研究湖泊的环境效应，湖水资源的保护、开发和利用。
