自动化学院是在原“哈军工”时期海军工程系的“海道测量”、“船舶电器自动化”、“武备自动化”和“导弹发射装置”4个专业的基础上发展起来的，1998年由原自动控制系、航天工程系导弹控制专业和系统工程研究室组建成立自动化学院，是学校教学、科研和人才培养实力雄厚的学院。
学院现有“自动化”、“测控技术与仪器”、“电气工程及其自动化”、“探测制导与控制技术”、“生物医学工程”、“飞行技术”6个本科专业，具有“控制科学与工程”一级学科博士学位授予权及博士后科研流动站，具有“控制理论与控制工程”、“导航、制导与控制”、“模式识别与智能系统”、“检测技术与自动化装置”、“系统工程”、“精密仪器及机械”等6个博士学位授予权，具有“控制理论与控制工程”、“导航、制导与控制”、“模式识别与智能系统”、“检测技术与自动化装置”、“系统工程”、“精密仪器及机械”、“机械电子工程”、 “测试计量技术与仪器” 、“电力电子与电力传动”、“电力系统及其自动化”、“电机与电器”、“高电压与绝缘技术”、“电工理论与新技术”、“生物医学工程”和“系统分析与集成”15个硕士学位授予权。“控制理论与控制工程”与“导航、制导与控制”两学科被列为国家“211工程”“九五”及“十五”重点建设学科，投资建设经费达3000多万元,“导航、制导与控制”学科是国家重点学科和国防重点学科。2003年在教育部对全国高校“控制科学与工程”一级学科评估中，学院的“控制科学与工程”学科名列第13名。
学院现有教师156人，其中博士生导师22人，教授和研究员38人，副教授和高级工程师43人。学院一向注重师资队伍建设，曾有40%的教师赴美国、德国、加拿大、英国、瑞典、日本等国家学习、进修或合作研究，以提高教学质量和办学效益。
学院具有雄厚的科研实力和科研特色。近三年来,承担各类科研项目近300项，科研经费到款近2亿元。获国家级科技奖12项、省部级奖100余项，其中舰船减摇控制技术、舰船组合导航技术达到国际先进、国内领先水平。在国内外刊物及学术会议上发表学术论文3000余篇,出版学术著作200余部。
学院已为国家培养本科生5000余人,研究生1000余人,其中绝大部分已成为国家经济建设、国防建设、科学研究和高等教育等方面的骨干。目前在该学院就读的本科生有近1800人,硕士研究生734人,博士研究生193人,博士后研究人员20人。学生学习风气浓厚，每年有近40%的学生保送或考取硕士研究生,毕业生就业率达96%以上，学生曾在全国大学生“挑战杯”、国际数学建模、电子设计大赛、机器人设计大赛、SCILAB程序设计大赛等赛事获得大奖。
