10世纪中叶，哈喇汗王朝统治者沙土克·布格拉汗（942～956年在位）为了得到中亚地区穆斯林的支持而于955年左右皈依了伊斯兰教，并以“圣战”为名，东征西讨，扩大自己的势力，在占领喀什噶尔后，以之为第二都城。在他去世后，其长子巴依塔什继其位，仍都喀什噶尔。因他的伊斯兰教名为木萨·本·阿布都·克里木，故通常称木萨（956～？年在位）。其弟苏来满，驻巴拉沙衮。木萨死后，子阿布勒·哈桑·阿里嗣位，形成后世所谓的阿里系（长支）；苏来满死后，子哈桑继位，形成哈桑系(幼支)。两系虽同为沙土克·布格拉汗之孙，但出于各自的利益，联合时少，而争斗时多。
木萨在位期间，成功地实现了王朝的伊斯兰化。960年，有十二万帐突厥语民众接受了伊斯兰教。史学界认为就是这一年伊斯兰教被木萨宣布为国教。此后便发动了对于阗的“圣战”，虽至死未达目的，但在其子侄时（1009年以前）却变为现实。对于阗的占领，使哈喇汗蔚成中亚大国。其疆域最大时，东至今新疆阿克苏及拜城一带，北抵巴尔喀什湖，西迄两河流域，南包帕米尔高原。境内民族除回鹘、葛逻禄外，尚有样磨、古斯、处月、突骑施、粟特等。
哈喇汗王朝在政治上采用两可汗并立之采邑分国制，国中有阿尔斯兰汗（狮子王）与博格拉汗（雄驼汗）两种汗号。这种制度本身就不利于中央集权的形成，为以后的分裂埋下了种子。11世纪中叶，汗国正式分裂为西部（长支）和东部（幼支）两个王朝。前者都撒马尔罕，后者都巴拉沙衮和喀什噶尔。东哈喇汗王朝君主保有桃花石称号，属于我国历史上的一个地方王朝，与北宋、辽及后来的金均保持着政治经济联系，而与近邻的西夏却较少往来，且常常处于敌对状态。1095年，西部王朝沦为塞尔柱的附庸。1128年，东部王朝沦为西辽的附庸。1141年，塞尔柱被西辽战败，西部王朝亦由塞尔柱附庸转为西辽附庸。随后，西辽衰落，东、西二部王朝也于1211年和1212年相继灭亡。
哈喇汗王朝时期文化比较发达，涌现出了玉素甫·哈斯·哈吉甫、麻赫穆德·喀什噶里等著名学者，他们撰写的《福乐智慧》和《突厥语辞典》在维吾尔族文化史上占有非常重要的地位。此外，在哈喇汗王朝晚期还出现了一部有名的伦理学著作——《真理的入门》，作者是维吾尔族盲诗人阿合买提·优格纳克。
